| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 696,863 | T→C | 5.2% | V277V (GTT→GTC) | mnhA1 → | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 696,863 | 0 | T | C | 5.2% | 264.7 / 2.8 | 90 | V277V (GTT→GTC) | mnhA1 | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/44); new base C (3/2); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGGCTACCTAGAGCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGC > CP000730/696724‑697003 | tttGGCTACCTAGAGCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTCAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCGCAGCAATATGTACGTATATATCGTTa > 1:42479/1‑141 (MQ=255) tGGCTACCTAGAGCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACg > 2:1086564/1‑141 (MQ=255) gCTACCTAGAGCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGtt < 1:894797/141‑1 (MQ=255) agagCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGt < 1:490672/141‑1 (MQ=255) agCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGttt < 1:111469/141‑1 (MQ=255) cAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTtaa > 1:115747/1‑141 (MQ=255) gCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTtataatctgat > 1:664363/1‑132 (MQ=255) gCACCCACACCTGTAAGTGCTTATCTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATg > 1:163246/1‑141 (MQ=255) cACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGt < 2:721557/141‑1 (MQ=255) ccTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTa > 1:491616/1‑141 (MQ=255) cTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTAt < 1:469984/141‑1 (MQ=255) tACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTAtt < 1:281378/141‑1 (MQ=255) acacCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTAttt > 2:943320/1‑141 (MQ=255) ccTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAACCTGGTATCTTATTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATAGATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGt > 2:652216/1‑141 (MQ=255) cTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGtt > 2:766571/1‑141 (MQ=255) gTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTCTATATCGATACGTTGGTGGGTTTAATAACAATGGTATTTGGTTCa > 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cTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAg < 1:226504/141‑1 (MQ=255) cTTAGTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAg < 1:226120/141‑1 (MQ=255) tATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACAATAACTTTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCt < 1:293980/141‑1 (MQ=255) aTTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCtt < 2:14133/141‑1 (MQ=255) aTTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCtt < 1:264022/141‑1 (MQ=255) tttACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCttt < 1:407559/141‑1 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2:659493/1‑141 (MQ=255) gCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATgg < 1:242375/141‑1 (MQ=255) gCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATgg > 1:712870/1‑141 (MQ=255) ccACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATggg < 1:788839/141‑1 (MQ=255) ccACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATggg < 2:456039/141‑1 (MQ=255) gATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTAAAAGTTTAAAACAATGGGAttt > 1:9552/1‑141 (MQ=255) aTGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGATCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTa < 2:957674/141‑1 (MQ=255) aaaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAgg > 2:510983/1‑141 (MQ=255) aaaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAgg > 2:510951/1‑141 (MQ=255) aaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGt > 1:1061126/1‑141 (MQ=255) aaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGt > 1:269464/1‑141 (MQ=255) gCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATc < 1:503767/141‑1 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1:183151/141‑1 (MQ=255) atCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGa < 1:943320/141‑1 (MQ=255) tCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGat < 2:240271/141‑1 (MQ=255) tCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTAAACTAGGAATGATTATGGCAATGGTCGGTATCGGTGGTGGat > 1:204624/1‑141 (MQ=255) cGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGata < 2:1040827/141‑1 (MQ=255) gTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGatat < 2:453683/141‑1 (MQ=255) gTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGatat > 1:406326/1‑141 (MQ=255) ttACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATg < 2:302176/141‑1 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 1:97988/1‑141 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 1:661539/1‑141 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 2:400823/1‑141 (MQ=255) | TTTGGCTACCTAGAGCAATGGCTGCACCTACACCTGTAAGTGCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGC > CP000730/696724‑697003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |