| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 696,902 | T→C | 5.5% | I290I (ATT→ATC) | mnhA1 → | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 696,902 | 0 | T | C | 5.5% | 263.6 / 4.8 | 92 | I290I (ATT→ATC) | mnhA1 | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/44); new base C (3/2); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
GCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTA > CP000730/696765‑697040 | gCTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTAAACCATTATAAGGCATTAGCAATATGTACGTACCAATTGTTCGGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACa > 1:158144/1‑141 (MQ=255) cTTATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAg < 1:226504/141‑1 (MQ=255) cTTAGTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAg < 1:226120/141‑1 (MQ=255) tATTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACAATAACTTTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCt < 1:293980/141‑1 (MQ=255) aTTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCtt < 1:264022/141‑1 (MQ=255) aTTTACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCtt < 2:14133/141‑1 (MQ=255) tttACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCttt < 1:407559/141‑1 (MQ=255) gcgggtcggaacACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTa < 1:937847/130‑1 (MQ=255) tACATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTaa < 1:537125/141‑1 (MQ=255) aCATTCAGCCACGATGGTAAAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTCGTTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTaaa < 1:19689/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |