| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 736,210 | C→T | 6.8% | T231I (ACA→ATA) | vraE → | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 736,210 | 0 | C | T | 6.8% | 220.6 / 4.6 | 73 | T231I (ACA→ATA) | vraE | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/33); new base T (2/3); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
AAAGAATAACCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTCATGTTCTCATCATCTATTA > CP000730/736070‑736350 | aaaGAATAACCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTac > 1:772887/1‑141 (MQ=255) aGAATAACCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTacac > 1:676052/1‑141 (MQ=255) aaTAACCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTATACtt < 1:395115/141‑1 (MQ=255) aaCCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTACACTTATg > 1:1002992/1‑141 (MQ=255) 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2:695294/1‑141 (MQ=255) tattatGATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTc > 1:326277/1‑141 (MQ=255) atGATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTCATGt > 1:107993/1‑141 (MQ=255) atGATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGATATAAGTGTAAATGATGTCATGt > 1:278836/1‑141 (MQ=255) gATTCTATCGGTATACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTCATGTtc > 2:488796/1‑141 (MQ=255) gATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTCATGTtc > 1:341640/1‑141 (MQ=255) 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AAAGAATAACCAGGTTAAAGAAACAAATCATAATAAAATTACATTTGAAGAGGTTGTTTTAGGCATCTTAGGTATAGTATTGATTACCACAGGATACTATCTATCTTTGAACATTGTTCAATATTATGATTCTATCGGTACACTTATGTTTATTTTATTGTCAACTGTGATTGGGGCATACTTATTTTTTAAAAGCTCTGTTTCTCTAGTTTTTAAAATGGTGAAGAAGTTTAGAAAAGGTGTTATAAGTGTAAATGATGTCATGTTCTCATCATCTATTA > CP000730/736070‑736350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |