Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 917,327 | 0 | T | G | 6.4% | 297.4 / 8.2 | 102 | intergenic (+86/‑104) | sufB/USA300HOU_0876 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/43); new base G (2/5); total (54/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATACAACATGATT > CP000730/917187‑917467 | cgcgGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACAt > 1:674704/1‑141 (MQ=255) cgcgGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACAt > 1:275518/1‑141 (MQ=255) cgcgGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACAt > 2:16815/1‑141 (MQ=255) cgcgGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACAt > 2:472310/1‑141 (MQ=255) 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2:339016/1‑141 (MQ=255) aTACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATaaa < 1:413930/141‑1 (MQ=255) cTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCg < 2:331663/141‑1 (MQ=255) cTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCg > 2:148939/1‑141 (MQ=255) tGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGa < 1:148121/141‑1 (MQ=255) ataAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCATTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGacaaca < 2:859681/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCCACAGTAATGTGGC‑‑TTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAAt > 1:1079366/3‑141 (MQ=255) aaGCCACATTACTGTGGCTTTTTTAGTTTAATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCCTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGGAAAAAATAATCATAGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATaca > 2:876152/1‑141 (MQ=255) aGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCCATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATacaa > 1:565006/1‑141 (MQ=255) ccACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATCGTGGATAAAGCGACAACACACATaaaaca > 1:541461/1‑141 (MQ=255) ccACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTAATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACCACTacaacc > 2:1024021/1‑140 (MQ=255) caTTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATACAACATGa > 1:497411/1‑141 (MQ=255) aTTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATACAACATGAt > 1:307912/1‑141 (MQ=255) ttACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATACAACATGAtt < 2:658809/141‑1 (MQ=255) | CGCGGTCGAAATGAACCGTTTAATCAAGTTCGAAATGGAAGGTAGTATTGGATAGCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCCATTCTTGACTTCCGAAAATGGCTATTGATACCATTTTGATACTGAATATAAC‑‑AAAAAGCCACATTACTGTGGCTTTTTTTGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTACTTATTTATATCAGTTCGATTTTTTGATTGGTGTAAAAAATAATCATTGATGGTGGATAAAGCGACAACACAAATACAACATGATT > CP000730/917187‑917467 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |