| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 1,039,416 | 0 | A | C | 5.8% | 267.6 / 5.7 | 85 | intergenic (‑5833/‑1873) | USA300HOU_0983/USA300HOU_0984 | competence protein/glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/46); new base C (3/2); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AATGATGTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTACGGCTTATAGTGAAAG > CP000730/1039276‑1039556 | aaTGATGTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAata < 1:279684/141‑1 (MQ=255)aaTGATGTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAata > 2:351692/1‑141 (MQ=255) atgatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAatat < 1:773658/141‑1 (MQ=255) atgatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAatat < 1:612692/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |