| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,190,794 | A→G | 8.1% | A167A (GCA→GCG) | mraY → | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,190,794 | 0 | A | G | 8.1% | 207.1 / 7.4 | 74 | A167A (GCA→GCG) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/47); new base G (3/3); total (24/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TATTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGG > CP000730/1190655‑1190934 | tatTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAg < 1:252126/141‑1 (MQ=255) atTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGt < 2:499246/141‑1 (MQ=255) cTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTaaa < 1:395427/141‑1 (MQ=255) cTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTaaa > 1:611715/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGtt < 2:963959/141‑1 (MQ=255) gtTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGAAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGa < 1:586482/141‑1 (MQ=255) tCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATgg < 1:102009/141‑1 (MQ=255) aTTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGAt < 1:113857/141‑1 (MQ=255) ggTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGc < 2:461588/141‑1 (MQ=255) gTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCGGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCa > 2:46397/1‑141 (MQ=255) gAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAAc < 1:828505/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTg < 2:530465/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTg < 1:68205/141‑1 (MQ=255) tttttCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTgg > 2:197633/1‑141 (MQ=255) ttttCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGa < 1:286616/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTAc < 1:422583/141‑1 (MQ=255) cATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACaa < 2:1070769/141‑1 (MQ=255) aTTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAAt > 2:726628/1‑141 (MQ=255) cGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATg < 1:786016/141‑1 (MQ=255) aTGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCca < 2:902766/141‑1 (MQ=255) aTGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCAACGGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTCCAATGTATGCca < 1:102262/141‑1 (MQ=255) aGCAATGCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCGGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCcatcat < 2:569634/141‑1 (MQ=255) aGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCGGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCcatcat < 1:658805/141‑1 (MQ=255) aGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCGGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCcatcat < 1:658776/141‑1 (MQ=255) aGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCcatcat < 1:874047/141‑1 (MQ=255) aGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCcatcat < 1:267403/141‑1 (MQ=255) 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2:131178/1‑141 (MQ=255) cATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGaaa < 2:873972/141‑1 (MQ=255) gTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCa < 2:605321/141‑1 (MQ=255) tttCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTgg < 1:1002344/141‑1 (MQ=255) tttCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTgg < 2:988111/141‑1 (MQ=255) ttCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGTACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGt < 1:43290/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAg < 1:625219/141‑1 (MQ=255) aGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAgg < 2:703530/141‑1 (MQ=255) | TATTCTTTGTTTTAAGTAATGTGTTTCATTTGGTGAATTTTTCTACGAGCATACATATTCCATTTACGAATGTAGCAATCCCACTATCATTTGCATATGTTATTTTCATTGTTTTTTGGCAAGTAGGTTTTTCTAATGCAGTAAATTTAACAGATGGTTTAGATGGATTAGCAACTGGACTGTCAATTATCGGATTTACAATGTATGCCATCATGAGCTTTGTGTTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGG > CP000730/1190655‑1190934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |