Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,341,749 | G→T | 5.6% | intergenic (+157/‑355) | USA300HOU_1245 → / → USA300HOU_1246 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,341,749 | 0 | G | T | 5.6% | 265.2 / 3.7 | 81 | intergenic (+157/‑355) | USA300HOU_1245/USA300HOU_1246 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/31); new base T (3/2); total (47/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTAATCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGT > CP000730/1341609‑1341888 | aTTAATCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACg > 2:94463/1‑141 (MQ=255) aTCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATTGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAAt > 2:919603/1‑141 (MQ=255) aTCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAAt > 1:468720/1‑141 (MQ=255) tCAAGCTNTGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTACAATTTATTGCACGAAAtt < 2:816902/141‑1 (MQ=255) tCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAAtt > 2:20806/1‑141 (MQ=255) aTTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTAAATGGATATTATAATGATTAAAATACAAAAATAGTACATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCGTTTAGAATGTATTACACTAAATTAGCATCGAATAAg > 1:483140/1‑141 (MQ=255) gATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGaa > 2:646146/1‑141 (MQ=255) gATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGaa > 1:147156/1‑141 (MQ=255) gATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGaa > 1:1065953/1‑141 (MQ=255) tttAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGaaaa > 1:42629/1‑141 (MQ=255) ttAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAAt < 1:806064/141‑1 (MQ=255) ttAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAAGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAAt < 1:806062/141‑1 (MQ=255) aCTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATaat > 2:207381/1‑140 (MQ=255) aTTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAgtgt > 1:424719/1‑141 (MQ=255) taataaAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTa < 2:45171/141‑1 (MQ=255) taataaAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTa < 2:147070/141‑1 (MQ=255) taacaaAAATAATATGATGAATGTATATTATAATAAAAAAAAAAAAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTa < 2:50182/141‑1 (MQ=255) aaaaTCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGttt < 1:927111/141‑1 (MQ=255) aaaTCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGtttt > 2:328185/1‑141 (MQ=255) aaaTCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGtttt > 1:491687/1‑141 (MQ=255) aaaTCATATGGTAAATGGATATTATAATGATTAAAATACAAAAATAGTACATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTACACTAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATGAGTGTTAAGtttt > 2:190675/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAg < 2:937316/141‑1 (MQ=255) tGGATATTATAATGATTAAGATTTAAAAATAGTACATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTACACTTTATTAGCATCGAATAAGGGAAAATGAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAATAGa < 2:357959/141‑1 (MQ=255) atatTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTg < 2:481946/141‑1 (MQ=255) tattatAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTgg > 1:45979/1‑141 (MQ=255) ataataATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATg < 2:346053/141‑1 (MQ=255) aataatTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGa < 1:948725/141‑1 (MQ=255) taatTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATc > 1:596637/1‑141 (MQ=255) atTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGCCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTGTTAAATGAGAAAAAAGATTGGAATGGATCGt > 2:454950/1‑141 (MQ=255) tAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCt > 1:335370/1‑141 (MQ=255) aaaTACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAGGATGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTg < 1:782133/141‑1 (MQ=255) aaTACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGa < 1:1000885/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agtagATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCtt > 2:694239/1‑141 (MQ=255) agtagATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCtt > 2:384034/1‑141 (MQ=255) taaaTTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCa < 2:762920/138‑1 (MQ=255) agATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCaa > 1:601768/1‑141 (MQ=255) ccAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGttt < 2:52379/141‑1 (MQ=255) cAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGtttt > 2:237116/1‑141 (MQ=255) aTTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCa > 2:238312/1‑141 (MQ=255) ttGTGAAATAGGAGTATATTGCTGTATATAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGACAATAAGTGTTAAGTTATAAATGCAAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTAGAAAGGCTCCCtacgcagtgtgcaca < 2:688575/141‑15 (MQ=255) tgtgAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGAACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAttt > 1:1063354/1‑141 (MQ=255) gtgAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt > 1:353862/1‑141 (MQ=255) gtgAAAAAAGAGTATGTCGTTTCATTTAAAATTTATTGCACAAAATTAGCATAAAAAAAAAAAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttt < 2:231793/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCAtttttt < 1:194976/141‑1 (MQ=255) aaaGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCaa < 1:827868/141‑1 (MQ=255) aGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATg < 2:143200/141‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGa > 2:667070/1‑141 (MQ=255) tATGTTGTTTCGTTTAGAATTTTTTTCTCGAGACTATCGTCTTATACGGGTAAATTAGTGTTATGTTTTCATTGATTATTAACCTTTGTATGGTTCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTCTGAATgacgac > 2:114822/1‑141 (MQ=255) tATGTCGTTTCGTTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGACCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGAc > 2:618988/1‑141 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tCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCtt > 1:254192/1‑97 (MQ=255) gTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGaa > 1:799529/1‑141 (MQ=255) aTTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggggg > 2:1070687/1‑141 (MQ=255) aTTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAggggg > 2:1070724/1‑141 (MQ=255) tttAGAATTTATTACACTAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATGAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAATAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCTACTTCGAAggggca < 2:385995/141‑3 (MQ=38) ttAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCa > 2:941684/1‑141 (MQ=255) tAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAt > 2:684333/1‑141 (MQ=255) aGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAtt < 2:30632/141‑1 (MQ=255) gAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAttt < 1:616532/141‑1 (MQ=255) gAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCAttt < 1:837716/141‑1 (MQ=255) aTTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTc > 2:315297/1‑141 (MQ=255) tttATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCa > 2:885126/1‑141 (MQ=255) ttATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCAt < 1:394025/141‑1 (MQ=255) ttATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAACGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCAt < 2:450591/141‑1 (MQ=255) cGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt < 1:94463/141‑1 (MQ=255) agAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGt < 2:716367/140‑1 (MQ=255) | ATTAATCAAGCTATGTTTATTTGATTTAACTATTAATAAAAATCATATGGTGAATGGATATTATAATAATTAAAATACAAAAATAGTAGATTCCAATTTGTGAAAAAGGAGTATGTCGTTTCATTTAGAATTTATTGCACGAAATTAGCATCGAATAAGGGAAAATAAGTGTTAAGTTTTAAATGATAAAAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGT > CP000730/1341609‑1341888 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |