| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,086,484 | A→T | 7.1% | intergenic (‑374/+15) | USA300HOU_1945 ← / ← USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,086,484 | 0 | A | T | 7.1% | 255.2 / 9.4 | 84 | intergenic (‑374/+15) | USA300HOU_1945/USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/44); new base T (3/3); total (37/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
GATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATT > CP000730/2086347‑2086622 | gATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTaaaa < 1:225824/141‑1 (MQ=255) tttATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAgtgt > 2:227745/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTTCTTTTTTAAATAAATTAATGTTTGATAATACTCTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttt < 1:647831/141‑1 (MQ=255) aaaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGttttt > 2:123485/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAatat > 1:427099/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTATTTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:73857/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt < 2:836588/141‑1 (MQ=255) tGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTa > 1:1005927/1‑141 (MQ=255) gTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACttt > 1:796739/1‑141 (MQ=255) ttAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTg > 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(MQ=255) ttttttatatTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGTTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCtttt > 2:922848/7‑141 (MQ=255) ttCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTATATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGa < 2:231630/141‑1 (MQ=255) aaTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGt < 2:448127/141‑1 (MQ=255) aTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGtt < 1:528274/141‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt < 1:546642/95‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:546642/1‑95 (MQ=255) 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1:762844/1‑141 (MQ=255) aTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCttt > 1:363796/1‑141 (MQ=255) aTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTGTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCttt > 2:864521/1‑141 (MQ=255) aaaaCCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTg > 1:420575/1‑141 (MQ=255) aaaCCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGa > 1:70580/1‑141 (MQ=255) accaccCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGAcc < 1:288933/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) | GATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATT > CP000730/2086347‑2086622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |