| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,091,517 | A→G | 5.9% | N28N (AAT→AAC) | USA300HOU_1954 ← | hypothetical bacteriophage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,091,517 | 0 | A | G | 5.9% | 292.9 / 7.4 | 102 | N28N (AAT→AAC) | USA300HOU_1954 | hypothetical bacteriophage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/57); new base G (2/4); total (41/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGGTTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGCTTT > CP000730/2091377‑2091657 | cacaTTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGGTTTTTTGACCTAATTTAATTTCa > 2:756291/1‑141 (MQ=255) acaTTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGGTTTTTTGACCTAATTTAATTTCAt > 1:566419/1‑141 (MQ=255) ttttCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGTTTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGa < 1:880916/141‑1 (MQ=255) ttttCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGGTTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGa < 1:1066537/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAg > 2:967432/1‑141 (MQ=255) ttCATTGAGTGTGATGATCAGTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCCTGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGc < 1:333067/141‑1 (MQ=255) tCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGCt > 2:927024/1‑141 (MQ=255) cATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGCtt < 1:870129/141‑1 (MQ=255) aTTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGCttt > 2:904877/1‑141 (MQ=255) | CACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGGTTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCATAGCTTT > CP000730/2091377‑2091657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |