| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,257,030 | C→T | 5.1% | intergenic (‑119/+81) | dps ← / ← yuxK | Dps family stress protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,257,030 | 0 | C | T | 5.1% | 296.1 / 3.6 | 101 | intergenic (‑119/+81) | dps/yuxK | Dps family stress protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/37); new base T (2/3); total (61/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AACATCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAT > CP000730/2256891‑2257169 | aacaTCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCg > 1:675724/1‑141 (MQ=255) tgttgATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTaa < 2:1082944/137‑1 (MQ=255) tgttgATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTaa > 1:1082944/1‑137 (MQ=255) ttgATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTTTAATCTAACCGCAAAGTGtt > 2:900244/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTATTCTAATCTAAATGTAAGGTGTTCCGCTTTTTAAATGTCTAAATTTTAATTCATCATCTAGTATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAAc < 2:287512/141‑1 (MQ=255) ttCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGAttt < 1:265164/141‑1 (MQ=255) aatctaaCCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCa > 2:77411/1‑141 (MQ=255) atctaaCCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCAt < 1:268757/141‑1 (MQ=255) ccGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAt < 1:665722/141‑1 (MQ=255) | AACATCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAT > CP000730/2256891‑2257169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |