| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,346,247 | G→T | 5.0% | intergenic (‑154/‑94) | alsS ← / → USA300HOU_2203 | acetolactate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,346,247 | 0 | G | T | 5.0% | 296.2 / 3.3 | 89 | intergenic (‑154/‑94) | alsS/USA300HOU_2203 | acetolactate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/35); new base T (3/2); total (52/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TCAAATGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTACGA > CP000730/2346110‑2346381 | tCAAATGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTAc < 2:90082/141‑1 (MQ=255) cAAATGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACa < 2:729195/141‑1 (MQ=255) cAAATGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACa < 2:1059450/141‑1 (MQ=255) aaaTGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACAt > 2:771855/1‑141 (MQ=255) 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2:125145/141‑1 (MQ=255) tgtgAGTTGTAATGTAATGATAATTAAGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTGTACAGGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATACCCTTTGATAGAAAAAAAAAAATCGTTATTTg < 2:909563/141‑1 (MQ=255) tGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACt > 2:350625/1‑141 (MQ=255) tGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACt > 2:1034052/1‑141 (MQ=255) tGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACACTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACt > 2:151233/1‑141 (MQ=255) aTCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGt > 1:434068/1‑141 (MQ=255) 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1:619950/1‑141 (MQ=255) atgatgTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGAttt < 1:364521/141‑1 (MQ=255) atgatgTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGAttt > 2:576421/1‑141 (MQ=255) tgTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTtgtg > 1:942757/1‑141 (MQ=255) tttATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCg > 2:968691/1‑141 (MQ=255) aTCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATATCCTTTGTTAGATGATTAAAAATCGTTATTTGTAATACTTAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTNTGTtg > 1:51288/1‑141 (MQ=255) 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1:353892/1‑141 (MQ=255) tGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTAc < 2:735425/141‑1 (MQ=255) tGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTAc < 2:163504/141‑1 (MQ=255) gCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTACg < 1:449633/141‑1 (MQ=255) gCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTACg > 1:4900/1‑141 (MQ=255) ccTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTACGa < 1:451680/141‑1 (MQ=255) | TCAAATGTGATGTATAGATGTGTATTACATGTAATTACTTTGTGATTTGTAATCTAATGATAGTTACGCAAAATTAATGATGTTTATCAAAATTTTACATGTACGATTAGATTTGTAATACATAAAAATTGCCTTCAGTACATTATATAACCTTTGTTAGATGAATAAAAATCGTTATTTGTAATACTAAGTATTCCAAAAATGCATGAATAGATTTTGTGCGTTGTGATTATGAGGGATGTTGGATTGATTGATGTAGAGGATTGTTACGA > CP000730/2346110‑2346381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |