| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,398,692 | T→C | 5.3% | I188I (ATT→ATC) | fdhD → | formate dehydrogenase accessory protein FdhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,398,692 | 0 | T | C | 5.3% | 277.8 / 2.2 | 93 | I188I (ATT→ATC) | fdhD | formate dehydrogenase accessory protein FdhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/40); new base C (3/2); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GATTACAAAGTGCAAGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTAGC > CP000730/2398553‑2398832 | gATTACAAAGTGCAAGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTc > 1:130293/1‑141 (MQ=255) aaGTGCAAGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTCTTCAGCGACa > 1:110911/1‑141 (MQ=255) aaGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATCAGCGCTGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAACTTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTAc < 2:557610/141‑1 (MQ=255) aGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACt < 2:898308/141‑1 (MQ=255) gTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTTTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTg > 2:310204/1‑141 (MQ=255) gTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTg > 1:390383/1‑141 (MQ=255) gTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATCCAGCGACATATTACTg > 2:375073/1‑141 (MQ=255) cATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTc > 1:877251/1‑141 (MQ=255) cATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTc < 1:408118/141‑1 (MQ=255) cATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTc < 1:672560/141‑1 (MQ=255) cATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTc < 2:1039929/141‑1 (MQ=255) ttACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGGGGGTTGGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCgaga > 1:792504/1‑141 (MQ=255) ttACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCgaga > 1:729440/1‑141 (MQ=255) ttACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGGATTCAGCGACATATTACTGTCCgaga > 2:860740/1‑141 (MQ=255) ccAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATaa > 2:567193/1‑141 (MQ=255) ccAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATaa > 1:214888/1‑141 (MQ=255) ataaaCAGGGGGCTTTCATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATGTGTAGACATAACGCTCTATATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGt < 2:1001750/139‑1 (MQ=255) aaaCAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTAt < 2:132679/141‑1 (MQ=255) aaaCAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTAt < 1:523197/141‑1 (MQ=255) aaCAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTAtt < 2:19144/141‑1 (MQ=255) ggTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAAtt > 2:821773/1‑141 (MQ=255) 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2:1075942/141‑1 (MQ=255) gATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAAAAAAAGAAAAAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCg < 2:85664/141‑1 (MQ=255) aTAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGACGAAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGa < 2:829732/141‑1 (MQ=255) aaaTTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACa > 1:1057948/1‑141 (MQ=255) aaTTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACaa > 1:360674/1‑141 (MQ=255) atatGGATTTTGTATCCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCGAAAATCGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCt < 2:874394/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCt > 2:339010/1‑141 (MQ=255) aTTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAAATAAAGACGAAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTa < 2:829779/141‑1 (MQ=255) aTTCAGCGACAACTAACCGTCCCAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATAAAAACCACAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTa < 2:317745/141‑1 (MQ=255) ttCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTAg > 2:880834/1‑141 (MQ=255) tCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTAGc < 2:729440/141‑1 (MQ=255) | GATTACAAAGTGCAAGTCATATTTACCAAGAAACAGGTGGCTTACATAATGCTGCTATAAGCGATGGTTTGACATTTTTTGTACATCGACAAGACATTGGTAGACATAACGCTCTAGATAAATTATATGGATTTTGTATTCAGCGACATATTACTGTCCGAGATAAAGTATTAATTTTTAGTGGACGTATTTCATCAGAAATTTTAATTAAAGCCGCAAAAATTGGTGTTGGCGTCATTTTATCTAAATCAGCTCCGACAACGCTTGCTGTAACCTTAGC > CP000730/2398553‑2398832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |