| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,426,760 | A→T | 5.7% | G446G (GGT→GGA) | USA300HOU_2291 ← | formate dehydrogenase alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,426,760 | 0 | A | T | 5.7% | 411.8 / 8.8 | 143 | G446G (GGT→GGA) | USA300HOU_2291 | formate dehydrogenase alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/70); new base T (6/3); total (70/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ATCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGTTCT > CP000730/2426622‑2426900 | aTCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGAcc > 2:172004/1‑141 (MQ=255)aTCGTGCAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGAcc < 2:585322/141‑1 (MQ=255) tCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCa < 1:190193/141‑1 (MQ=255) tCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCa < 1:341592/141‑1 (MQ=255) tCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACATGGTTTAGGTTGATAAAAACGATAAGCAAGTTGTGCCATTTCAAGATTACTAATATCAAATGCTTGAATCTTTTGACCa > 1:491061/1‑141 (MQ=255) cGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTTATATAAAATACATGTCTTTTTTGACCaa < 2:222971/141‑1 (MQ=255) cGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCaa < 1:699794/141‑1 (MQ=255) aTCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAAttt > 2:623072/1‑141 (MQ=255) tCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAAtttt > 2:281115/1‑141 (MQ=255) tGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTtgt < 1:727411/141‑1 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tatCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGt < 1:190990/141‑1 (MQ=255) atCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTc > 2:828974/1‑141 (MQ=255) tCAAATACATGTATTTTTTGTCCAAATAATTTTTGAGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTGGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCa < 2:883229/141‑1 (MQ=255) tACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCAccgcc > 1:968063/1‑141 (MQ=255) tGTATTTTTTGTCCAAATAATTTTTGAGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTGGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCgtgt > 1:387331/1‑141 (MQ=255) gTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGTCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTc < 1:607280/141‑1 (MQ=255) tATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGAGTCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTcc > 1:792517/1‑141 (MQ=255) tATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGAGTGGTGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTcc > 1:792577/1‑141 (MQ=255) aTTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCa < 1:709188/141‑1 (MQ=255) ttttGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAAcc < 1:1019836/141‑1 (MQ=255) ttttGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAAcc < 1:363686/141‑1 (MQ=255) tttGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTAATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCGTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCg < 2:804506/141‑1 (MQ=255) ttGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGt < 2:467029/141‑1 (MQ=255) ttGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGt < 2:571077/141‑1 (MQ=255) tGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGtt > 2:224731/1‑141 (MQ=255) gACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGTTc < 1:685437/141‑1 (MQ=255) | ATCGTGTAAATCATGATCAATAATATACTTAGTCACTGCACTTAACCACGCTAAATCCGTACCTGGTTTAGGTTGATAAAAACGATCCGCACGTTCTGCCATTTCATGTTTTCTAATATCAAATACATGTATTTTTTGACCAAATAATTTTTGTGCACGTTTCATGCGTGATGCGATAACTGGATGAGCTTCGGCTGTATTAGTACCTATCAATACAGACATTGCCGCTTTTTCTAAATCTTCAATACTACCTGAGTCACCGCCGTGTCCAACCGTTCT > CP000730/2426622‑2426900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |