| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,479,526 | A→G | 6.6% | G108G (GGT→GGC) | htrB ← | hemin ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,479,526 | 0 | A | G | 6.6% | 247.1 / 5.7 | 87 | G108G (GGT→GGC) | htrB | hemin ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/53); new base G (2/4); total (30/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
GCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGT > CP000730/2479386‑2479666 | gCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGa < 1:355980/141‑1 (MQ=255)gCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGa < 2:771005/141‑1 (MQ=255) aaTCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAg < 1:371791/141‑1 (MQ=255) gTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGct < 2:55541/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACtt > 2:866820/1‑141 (MQ=255) cccGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAGTATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACttt < 2:3525/140‑1 (MQ=255) cGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTa < 2:617803/141‑1 (MQ=255) ccAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTaaa > 2:42545/1‑141 (MQ=255) cAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAAt > 1:488728/1‑141 (MQ=255) cTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAAc < 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(MQ=255) cATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATATGAAGAtt < 2:132362/141‑1 (MQ=255) tCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAATTGTTTTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaa > 2:877787/1‑141 (MQ=255) aaGCGATCTTCTAACCCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaaaa < 1:903295/141‑1 (MQ=255) aaGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGaaaa < 1:789561/141‑1 (MQ=255) gCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAAt < 2:592267/141‑1 (MQ=255) gCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAAt < 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(MQ=255) gttTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATg > 1:76079/1‑141 (MQ=255) tttGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTTAAGATTTAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTAGCAAACAATgg < 1:268017/141‑1 (MQ=255) tGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGgcg > 2:259042/1‑141 (MQ=255) gTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGca < 2:242521/141‑1 (MQ=255) tCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcat < 2:571064/141‑1 (MQ=255) cATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcatc < 1:1497/141‑1 (MQ=255) ttCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGcatcat > 1:578504/1‑141 (MQ=255) tCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGACAAATAACACAAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCAtt > 1:917773/1‑141 (MQ=255) tCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCAtt > 2:230033/1‑141 (MQ=255) cGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCCCTTTTAAATAAGGAACCCAATGTCACGATTGAACTATAAAACCAATCTATTCCAATCGTACCTCACTAGCACGATGCTGTTTATCAAACAATgatgcgccattgtt < 1:648002/141‑14 (MQ=255) tcttGGCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGCAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGTGCATCATTGTAAAGc > 1:1041266/1‑141 (MQ=255) aCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGt < 2:562013/141‑1 (MQ=255) aCCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATAACTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGt < 1:78393/141‑1 (MQ=255) | GCTCTCATAATCGCAACACGTTGCTTTTCACCGCCAGATAACTGATGCGGATATACATTCAAGCGATCTTCTAAACCAATATTTTTCAAAAGTTGTATTGCTCTTGTTGAACTTTGTTGTTTGGTCATTCCCGCTTCTTGACCTACGAGTGTCAATTGCTCTATCACTTTTAAATAAGGAACTAAATGTGAAGATTGAAAAATAAAACCAATATCTTCCAATCGTAAATCACTAGGACGATGCTGTTTATCAAACAATGGCGCATCATTGTAAAGCACTGT > CP000730/2479386‑2479666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |