| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,559,032 | T→A | 6.2% | V146V (GTT→GTA) | bcr → | MFS family major facilitator transporter, bicyclomycin:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,559,032 | 0 | T | A | 6.2% | 300.6 / 7.8 | 97 | V146V (GTT→GTA) | bcr | MFS family major facilitator transporter, bicyclomycin:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/56); new base A (2/4); total (37/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
AATTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACA > CP000730/2558896‑2559170 | aaTTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATg < 2:570563/141‑1 (MQ=255) ttGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGc > 1:609999/1‑141 (MQ=255) ccATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCCAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTAAATGGcatc > 1:750729/1‑141 (MQ=255) ccATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGcatc > 1:258269/1‑141 (MQ=255) ccATCATTCTTAACTTTACGATTTATTCTAGGTATAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAACATAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGcatc > 2:117152/1‑141 (MQ=255) tttttcagactgttcGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCCTTAATGGTCGTTCATGGCCtcatca < 2:585027/127‑1 (MQ=255) attCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCCACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTCATGGTAGTTAATGGCATCATCAc > 1:529346/1‑141 (MQ=255) attCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCAc < 1:274938/141‑1 (MQ=255) cTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCCAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTAAATGGCATCATCACTAt < 1:681572/141‑1 (MQ=255) tttACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGc < 1:745386/141‑1 (MQ=255) ttACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCa > 2:577201/1‑141 (MQ=255) cGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCa > 2:1036681/1‑141 (MQ=255) cGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCa > 2:543519/1‑141 (MQ=255) cGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAAGTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCa > 2:543052/1‑141 (MQ=255) gATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCAt < 1:649757/141‑1 (MQ=255) gATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCAt > 2:1082271/1‑141 (MQ=255) tttATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTa > 1:914194/1‑141 (MQ=255) tATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGc > 1:123497/1‑141 (MQ=255) tATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGc > 1:305645/1‑141 (MQ=255) tATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGc < 2:555705/141‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 1:144993/141‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 2:703933/141‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc > 1:235870/1‑141 (MQ=255) aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 2:703924/141‑1 (MQ=255) ttCACGGCTTAACTGGTGGTGGCGTCATCCTGACTGCTATCGCCTCTGCTTGTTATATATTTAGTGGCAACTCTCTTCCTTTATTTTTTGCAGCTTTAATGGTAGTTATCGTCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCg < 2:148852/141‑1 (MQ=255) tCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCCAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTAAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGctgg < 2:148093/141‑4 (MQ=255) tCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCgg < 2:277753/141‑1 (MQ=255) cAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGt < 1:610199/141‑1 (MQ=255) aaGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTg > 2:456883/1‑141 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAACTTTAGTGGCAACGCCCTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg < 1:917775/141‑1 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTGGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg < 1:315425/141‑1 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg > 1:607735/1‑141 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg > 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cTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCtt > 2:346372/1‑141 (MQ=255) tggCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGt < 1:267935/141‑1 (MQ=255) ggCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTa > 1:1041889/1‑141 (MQ=255) gCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAg < 1:159692/141‑1 (MQ=255) tCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCaa > 2:695277/1‑141 (MQ=255) gTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATgg > 1:1067173/1‑141 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aTTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATtgt > 2:356323/1‑141 (MQ=255) ttAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTgg < 2:591787/141‑1 (MQ=255) ttAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTgg < 1:36873/141‑1 (MQ=255) ttAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTgg < 2:591764/141‑1 (MQ=255) gTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCAc < 1:175711/141‑1 (MQ=255) tGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACt < 1:427003/141‑1 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(MQ=255) aTTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCAGCATTTTAATTGGCGt < 1:791582/141‑1 (MQ=255) tttttAGCATCTTTAATGGTAGTAAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCTGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTc < 1:471998/141‑1 (MQ=255) tttAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGc < 2:172612/141‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCt < 1:455406/141‑1 (MQ=255) ttAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCt > 1:932984/1‑141 (MQ=255) ttAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCt > 1:932944/1‑141 (MQ=255) tAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCtt > 2:453117/1‑141 (MQ=255) tAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCtt < 2:66942/141‑1 (MQ=255) aGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTtc < 1:814038/141‑1 (MQ=255) aGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTGCACAATTTTCACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTtc < 1:118148/141‑1 (MQ=255) gCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTtct < 1:852132/141‑1 (MQ=255) tttAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAAtt < 2:1015511/141‑1 (MQ=255) tAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTAc < 1:152113/141‑1 (MQ=255) ggTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTaa < 1:860635/141‑1 (MQ=255) gTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTaaa < 2:395881/141‑1 (MQ=255) gTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTaaa > 2:501584/1‑141 (MQ=255) aGTTAATGGCATCATCTCTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCCCTCGTCGTTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAACTACCTagaag < 2:348527/141‑2 (MQ=255) aGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAAc < 1:326582/141‑1 (MQ=255) gTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACa < 2:388719/141‑1 (MQ=255) | AATTGCCATTATTCTTAACTTTACGATTTATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACA > CP000730/2558896‑2559170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |