| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,654,172 | T→A | 5.9% | G145G (GGT→GGA) | USA300HOU_2507 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,654,172 | 0 | T | A | 5.9% | 320.6 / 10.6 | 102 | G145G (GGT→GGA) | USA300HOU_2507 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/51); new base A (2/4); total (47/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TATTATGACTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGA > CP000730/2654034‑2654309 | tattatGACTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGgtgt > 1:688337/1‑141 (MQ=255)tattatGACTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTCAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGgtgt > 1:103248/1‑141 (MQ=255) tGACTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTAccc < 2:350235/141‑1 (MQ=255) ccTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGGTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCa < 2:1011840/140‑1 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCAt > 1:298549/1‑141 (MQ=255) gCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCAttt > 1:401847/1‑141 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCAtttt > 1:780533/1‑141 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCAtttt > 2:116568/1‑141 (MQ=255) aGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCAttttt > 2:736614/1‑141 (MQ=255) ggtggtGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTa > 1:886586/1‑141 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ttCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTa < 1:442719/141‑1 (MQ=255) tcatcaAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCCACCCTGTTTCTACAATTCGATCGTTTCATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTAt < 1:488338/141‑1 (MQ=255) tcatcaAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTAt < 1:947317/141‑1 (MQ=255) tcatcaAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTAt < 1:991300/141‑1 (MQ=255) aaaGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCTCTCATATTAGTCGTCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTg < 2:126801/141‑1 (MQ=255) aGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCg > 1:625725/1‑141 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tCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTct > 1:178647/1‑141 (MQ=255) tCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACAATGTTTCTAACATTAGATAGTTTAATTGTTGTGCTTGGAGGTGTTAATCCATTTTTACTTGCGATTGTCATTTTGATTGAGGAct > 1:593740/1‑141 (MQ=255) cAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTcta > 2:768659/1‑141 (MQ=255) cAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGActa > 1:539437/1‑141 (MQ=255) ttACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTAt > 1:444396/1‑141 (MQ=255) aCCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGTTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTAttt < 2:1031287/141‑1 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tAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTg < 2:1080244/141‑1 (MQ=255) aGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGc < 1:201361/141‑1 (MQ=255) tCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCg < 1:422127/141‑1 (MQ=255) gCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCt < 1:733766/141‑1 (MQ=255) gCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCt > 1:819666/1‑141 (MQ=255) ccTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGTGGAGTTACTCCATTTTTAATTGCAATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACGAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCta < 1:1046421/141‑1 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2:340212/141‑1 (MQ=255) cGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATc < 1:415019/141‑1 (MQ=255) cGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATc > 2:451789/1‑141 (MQ=255) tCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCAtt > 1:315445/1‑141 (MQ=255) tCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCAtt > 1:496211/1‑141 (MQ=255) tCGTTTAATCGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCAtt > 1:953068/1‑141 (MQ=255) cGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTa > 2:105480/1‑141 (MQ=255) gTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTAt < 2:1014765/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTCCTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCAcc < 2:501313/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCAcc < 1:619872/141‑1 (MQ=255) ttGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTg > 2:566229/1‑141 (MQ=255) ttGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTg < 2:625967/141‑1 (MQ=255) tGCTGTTCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTTAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTgg < 2:327658/141‑1 (MQ=255) tGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATGATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTgg < 2:933884/141‑1 (MQ=255) tGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTgg > 2:993280/1‑141 (MQ=255) cTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGAt < 1:785981/141‑1 (MQ=255) tgtgCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGAtg > 2:162629/1‑141 (MQ=255) gCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGAtggtg < 1:880663/141‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATggtggt < 1:282334/141‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATggtggt < 2:586348/141‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATggtggt < 1:251530/141‑1 (MQ=255) cGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGa > 1:194854/1‑141 (MQ=255) | TATTATGACTGCAGGTGGTGCGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGA > CP000730/2654034‑2654309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |