| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,654,193 | G→A | 5.5% | A152A (GCG→GCA) | USA300HOU_2507 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,654,193 | 0 | G | A | 5.5% | 340.7 / 5.4 | 108 | A152A (GCG→GCA) | USA300HOU_2507 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/57); new base A (2/4); total (47/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
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1:1002283/141‑1 (MQ=255) ttttAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATg < 2:84525/141‑1 (MQ=255) tAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCaa < 1:516979/141‑1 (MQ=255) aaTTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAg > 2:1017541/1‑141 (MQ=255) aaTTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAg > 2:429304/1‑141 (MQ=255) aaTTACGATTGTCATTATGATTGCGGTCTCCTATTTCACAACATGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGCTGGTGCATTGCTGCAATAAACTATACAAg > 2:702658/1‑141 (MQ=255) ttGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCt < 2:893832/141‑1 (MQ=255) ttGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCt > 2:13913/1‑141 (MQ=255) gCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCTTg > 2:42452/1‑141 (MQ=255) gCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCTTg < 1:566229/141‑1 (MQ=255) gCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCTTg > 2:462062/1‑141 (MQ=255) | CGTCAACCATTCATCAAAGTTTCAACTTACCGTATTGGCTGAGCGCACTCATATTAGTCGCCTTTATTTTAGCAACACTGTTTCTAAAATTCGATCGTTTAATTGCTGTGCTTGGCGGTGTTACCCCATTTTTAATTGCGATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACAAGTCATCTTGATTTTACTGCCGCTAATAATGATGCTCAGATTCATAAGCAGAAATCATTATCACCTGGATGGTGGTTTGATGCGATTAACTATGCAAGCTTGC > CP000730/2654054‑2654332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |