| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,668,363 | G→A | 5.0% | intergenic (‑172/‑738) | USA300HOU_2523 ← / → yicL | transcriptional regulator/DMT superfamily drug/metabolite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,668,363 | 0 | G | A | 5.0% | 316.5 / 3.0 | 99 | intergenic (‑172/‑738) | USA300HOU_2523/yicL | transcriptional regulator/DMT superfamily drug/metabolite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/47); new base A (2/3); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
TTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTAATATTTACTAATTAACTTTTTACTCTATATTTCAAACAGTTGTGTGACAGTTTTTTGATAACTTTTTTACATCTGAAAGTAAGTAATATTTCTAAAAACTTTTAATATTTATACACTTTATCTTTCGAGCTATTTA > CP000730/2668223‑2668502 | ttttCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCg > 1:779237/1‑141 (MQ=255) tttCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGt < 1:331828/141‑1 (MQ=255) cAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTaa > 2:115664/1‑141 (MQ=255) aaaCATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTAATATTTACt > 1:319679/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |