Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 2,690,960 | 0 | T | C | 5.8% | 304.5 / 6.8 | 103 | T559T (ACA→ACG) | USA300HOU_2546 | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division:proton (H+) antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/52); new base C (4/2); total (49/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GACTTCATAATCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAATGTTGCCATTAATGACAAGACGAATCCTAAAACTGCTTTTAATGGTATTAGAATTGAACGGAAGACAATCATTAATAAGAAAAATGCTAATACAACAATGACTGAGGCAAATAAAGGTATCGCCTCATTTAACTTTTTAGA > CP000730/2690822‑2691100 | gACTTCATAATCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAATGt > 1:626388/1‑141 (MQ=255) aCTTCATAATCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAATGtt < 1:328118/141‑1 (MQ=255) aCTTCATAAGCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAATGtt < 1:1055927/141‑1 (MQ=255) ttCATAATCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAGCGTTGc < 1:736075/141‑1 (MQ=255) 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GACTTCATAATCCATCGCTAATCCAAATAAGATACCTATAGTAATAACCGGTAAAAATGCTAGCATTGGTCCTGTCGTTTCAATACCAAACAGACCTTTCATAAAACCATCTTGCATTACTAATGTTGTAAATCCTAATGTTGCCATTAATGACAAGACGAATCCTAAAACTGCTTTTAATGGTATTAGAATTGAACGGAAGACAATCATTAATAAGAAAAATGCTAATACAACAATGACTGAGGCAAATAAAGGTATCGCCTCATTTAACTTTTTAGA > CP000730/2690822‑2691100 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |