| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,725,352 | 0 | A | T | 5.9% | 302.0 / 7.3 | 101 | intergenic (‑58/+276) | ynzC/ynzC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/53); new base T (3/3); total (45/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTTATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGTTTAGT > CP000730/2725212‑2725491 | gTTATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGtaata < 1:895450/141‑1 (MQ=255) ttATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGtaataa > 2:590142/1‑141 (MQ=255) ttATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGtaataa > 1:527676/1‑141 (MQ=255) ataCCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGAGCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAAtt < 1:865678/141‑1 (MQ=255) 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GTTATACCGAAATCTTTTAAGGTAATGGCCATACCTATACCTGCAGCACCGGCACCGATAATAGCCACTTTATGATGTTGCATATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTTTTGATTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTTAAAATTTAAGGCTGCTACGTTTAGT > CP000730/2725212‑2725491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |