| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 153,592 | A→G | 5.7% | I399V (ATT→GTT) | USA300HOU_0144 → | MOP superfamily multidrug/oligosaccharidyl‑lipid/polysaccharide flippase transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 153,592 | 0 | A | G | 5.7% | 251.7 / 4.5 | 88 | I399V (ATT→GTT) | USA300HOU_0144 | MOP superfamily multidrug/oligosaccharidyl‑lipid/polysaccharide flippase transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/41); new base G (2/3); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TAAGATTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTA > CP000730/153452‑153729 | taaGATTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTa < 2:370947/141‑1 (MQ=255)taaGATTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTa < 1:579013/141‑1 (MQ=255) gATTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTg < 1:1001342/141‑1 (MQ=255) aTTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGa > 1:242364/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTAc > 2:76263/1‑141 (MQ=255) tCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGt > 1:452733/1‑141 (MQ=255) tttttttttttGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGTTGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGta > 2:282298/9‑141 (MQ=255) tGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAATTCAATGTGAAGTTGAATATTGTCAGTACGCGTCAATGTGTCATTTCTGCTGTTATGATGTTTCTTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTAccgagtacg > 2:553149/1‑133 (MQ=255) tGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATAATAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTAATTGCCCCCTACAATGtacg > 2:227858/1‑141 (MQ=255) taTTTGGCGATTTGTTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGtacgctac < 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tttATTGATATTACTAAAATCAATGCGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTa > 1:395527/1‑141 (MQ=255) | TAAGATTATATAATGCGTCAATTACTATTGGTGCAGTGATAAACCTAGTATTATGTATTATTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTA > CP000730/153452‑153729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |