| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 225,063 | T→A | 5.3% | I50I (ATT→ATA) | murQ → | possible sugar phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 225,063 | 0 | T | A | 5.3% | 286.7 / 3.7 | 95 | I50I (ATT→ATA) | murQ | possible sugar phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/45); new base A (2/4); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTACGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGACCCTCATGAAATTATAGGTATTAT > CP000730/224923‑225203 | aGTACGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AAtt < 1:7407/141‑1 (MQ=255)aGTACGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AAtt > 1:707301/1‑141 (MQ=255) aCGTCCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTCGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTaaa < 2:784157/141‑1 (MQ=255) aCGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATCGACAAAAGT‑AATTaaa > 1:151957/1‑141 (MQ=255) cGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTaaaa < 1:480545/141‑1 (MQ=255) cGACCGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTCAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTaaaa < 1:733270/141‑1 (MQ=255) cGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATTACTGTTGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAAc > 2:594121/1‑141 (MQ=255) cGAAGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAAc < 1:797620/141‑1 (MQ=255) aaGCGCGTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACaa > 2:836408/1‑141 (MQ=255) cgcgTAATGAAGCGACGATGCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTg > 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gCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTgg < 1:294539/141‑1 (MQ=255) gCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTgg < 1:86963/141‑1 (MQ=255) gCATCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATAAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTgg < 1:56668/141‑1 (MQ=255) gCATCTTGATGAAAGGACTGTGGAAGAGGCTTAAAATACGATAAATAAAGAAGATCAACAAGCCCAGTAAGAAGTTCAAAAGGCAAAGCCACAAAAAACAAAAGT‑AAATAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTgg < 1:548917/141‑1 (MQ=255) tCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACg > 1:680238/1‑141 (MQ=255) tCTTGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACg > 1:1013100/1‑141 (MQ=255) ttGATGAAATGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTAAGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACgat > 1:563943/1‑141 (MQ=255) tgaAATGACTGTGGAAGAGGCTTTGATGACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGAAAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACgattgat < 2:438050/141‑1 (MQ=255) aaTGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTta < 1:543077/141‑1 (MQ=255) tGACTGTGGAAGAGGCTTTAATTACAAAGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAATTCAAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAAA‑AAAAAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTtata < 2:692907/141‑1 (MQ=255) aCTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATc > 1:285055/1‑141 (MQ=255) aCTGTGGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATc > 2:73537/1‑141 (MQ=255) tgtgGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATAAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATCTATATCgg > 2:787803/1‑141 (MQ=255) tgtgGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATAAAAAAAACAATTGCACAGGATAAAAAGGGTGGACGTTTGATCTATAACgg > 1:707079/1‑141 (MQ=255) gtgGAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATAGGt > 1:546279/1‑141 (MQ=255) ggAAGAGGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGc > 1:258545/1‑141 (MQ=255) agagGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAgg > 1:932038/1‑141 (MQ=255) agGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTa < 1:330236/141‑1 (MQ=255) agGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTa < 2:275719/141‑1 (MQ=255) agGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTa < 1:478777/141‑1 (MQ=255) agGCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AAAAAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTa < 2:447886/141‑1 (MQ=255) ggCTTTAATTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAATACAAGTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTAc > 1:486694/1‑141 (MQ=255) 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1:174908/141‑1 (MQ=255) aTTACGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGa < 2:476464/141‑1 (MQ=255) aCGATGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAgg > 2:153072/1‑141 (MQ=255) cGAGGAAGAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTAGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGA‑AAATAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGt < 2:638597/141‑1 (MQ=255) aTGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTg < 2:528247/141‑1 (MQ=255) aTGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTg > 2:412861/1‑141 (MQ=255) aTGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTg < 2:30660/141‑1 (MQ=255) tGAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTgg < 1:168026/141‑1 (MQ=255) gAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTggg < 1:1012009/141‑1 (MQ=255) gAATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGCAAGGTTggg < 1:952667/141‑1 (MQ=255) aaTAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACTGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGgt > 2:1034256/1‑141 (MQ=255) aaTAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGA‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGgt < 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tCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGCGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGc > 1:114525/1‑141 (MQ=255) aGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAg < 2:128421/141‑1 (MQ=255) gCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATaaaa > 1:345374/1‑77 (MQ=255) gCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATaaaa < 2:345374/77‑1 (MQ=255) gCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGc < 1:293031/141‑1 (MQ=255) cAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCg > 2:923792/1‑141 (MQ=255) ccGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAgtgt > 1:66591/1‑141 (MQ=255) gTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAgtgtgt > 2:742999/1‑141 (MQ=255) gTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAgtgtgt > 1:277164/1‑141 (MQ=255) ttAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTa > 2:452907/1‑141 (MQ=255) ttAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTa > 2:882972/1‑141 (MQ=255) cAGTTCGAAAGGCAATACCACACTTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTa < 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1:758194/1‑141 (MQ=255) tACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGAcc < 1:349397/141‑1 (MQ=255) tACCACAATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGAcc < 2:929207/141‑1 (MQ=255) aCCACAATTGAAAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGAccc > 1:158597/1‑141 (MQ=255) ccACAATTGATAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGACCCt < 2:1077590/141‑1 (MQ=255) caATTGACAAAAGT‑AATTAAAAAAACAATTGCACAGTATAAAAAGGGTGGACGATTGATTTATATCGGTGCAGGTACAAGTGGAAGGTTGGGTGTCTTAGATGCAGCGGAGTGTGTACCTACATTCAATACTGACCCTCAt > 2:1046576/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |