| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 354,943 | G→A | 5.4% | G78G (GGC→GGT) | ywcJ ← | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 354,943 | 0 | G | A | 5.4% | 280.3 / 2.4 | 90 | G78G (GGC→GGT) | ywcJ | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/45); new base A (2/3); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
AATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTT > CP000730/354803‑355081 | aaTACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATg > 1:81989/1‑141 (MQ=255) ctctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTg > 2:1050705/1‑141 (MQ=255) tctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATAGAGGCCGACAGTAAAGTGCATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTgg > 2:864798/1‑141 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGTCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg < 2:943056/141‑1 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg > 1:916101/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg > 1:928275/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg < 1:976305/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTa < 1:32589/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTaa < 1:935248/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAAt > 1:27120/1‑141 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tGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATcc < 2:558033/141‑1 (MQ=255) tGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTAGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATcc > 1:1007693/1‑141 (MQ=255) ttAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGa < 2:536435/141‑1 (MQ=255) agtagtTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATTCGAAGACCGTAATAATCCCGatg < 2:197390/141‑2 (MQ=255) agtTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGataata < 1:777309/141‑1 (MQ=255) agtTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGataata < 2:867768/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |