| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 487,811 | A→G | 6.3% | intergenic (+3189/‑2589) | USA300HOU_0463 → / → metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 487,811 | 0 | A | G | 6.3% | 171.9 / 2.6 | 63 | intergenic (+3189/‑2589) | USA300HOU_0463/metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/27); new base G (2/2); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
CTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTCAAGATAGCTATT > CP000730/487672‑487950 | cTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTAc > 2:76970/1‑141 (MQ=255)cTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTAc > 2:281418/1‑141 (MQ=255)cTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTAc > 1:455306/1‑141 (MQ=255)cTAATCCATTATTAAGTGTTACTGACATTAAAAAGTGTGCTGAAATTGCGAAAGAACGCGTTTTGATTTGAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAAGGCGTTAGATTTAGGTATCGAGATTGTGTTAc > 2:95598/1‑141 (MQ=255) taaactattattACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTTCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGACTTAGGTATCGATATTGTCTTACa < 1:45304/135‑1 (MQ=255) aTCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACAtt < 2:19008/141‑1 (MQ=255) tattaCGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATATCACAGTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATGTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCaa > 1:42534/1‑141 (MQ=255) attaCGTGTTACTCCCACGAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAAc < 1:367754/141‑1 (MQ=255) cGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGaaa > 2:5656/1‑141 (MQ=255) aCTGACATTAAAAAGTCTGATGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTCAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTa > 2:342157/1‑141 (MQ=255) aCATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTg > 2:330006/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACAt > 2:201096/1‑141 (MQ=255) aaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATa > 1:227581/1‑141 (MQ=255) aaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATa > 1:227328/1‑141 (MQ=255) aGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATCTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTg > 2:17670/1‑141 (MQ=255) tCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGAt > 1:433223/1‑141 (MQ=255) ctgAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCg < 2:288803/141‑1 (MQ=255) cgcaaGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTACGTATCGATATTGTCTTACATTCATTATCGAAGTATTTAGGAGGAAATAGTGATGTCGTTGCTGGtt > 2:117963/4‑141 (MQ=255) cGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGtt > 1:225255/1‑141 (MQ=255) gAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTAATGTCGTTGCTGGttt > 2:403505/1‑141 (MQ=255) aaaGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGATATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTa > 1:17806/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGAt < 2:231910/141‑1 (MQ=255) tttCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATg < 1:273774/141‑1 (MQ=255) ttaGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTGAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGATGGTTTAGTTGCAACATCGGATGAc > 2:269370/3‑141 (MQ=255) aGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACaa > 1:338737/1‑141 (MQ=255) ttgATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTg < 1:145851/141‑1 (MQ=255) ttgATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTg > 2:278779/1‑141 (MQ=255) gATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCa < 1:66825/141‑1 (MQ=255) gATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCa < 2:286202/141‑1 (MQ=255) tAACACATTTATGACACGTTATTATCACAATCCATTAGATTTAGCTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGa < 2:309610/141‑1 (MQ=255) caTTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGtt > 2:442089/1‑141 (MQ=255) aTTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGttt < 1:176362/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGAATCAATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGGAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCa > 1:402994/1‑141 (MQ=255) aGAATCCATTAGACATACGTATGAAAAATATGTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTGGCAGAACGCTTAGCATTTATTTCAAATTCaa > 2:111423/1‑141 (MQ=255) aaTCCATTAGATTTATGTATCGAGATTTGCTTACATTCTGCAACGAAATAGTTAGGGGTACATATTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACa < 1:89252/141‑1 (MQ=255) tAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCa > 1:284701/1‑141 (MQ=255) ttAGTTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACTAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTa < 2:151042/141‑1 (MQ=255) gcaTCGATATTGTCTTGCATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGAc < 2:171638/139‑1 (MQ=255) gTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGAc < 2:455306/141‑1 (MQ=255) tATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGAcc < 1:24486/141‑1 (MQ=255) tCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTc > 2:396061/1‑141 (MQ=255) tCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTc > 2:393095/1‑141 (MQ=255) cGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTCa > 2:170082/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTCAAGATAGCTAtt < 1:76970/141‑1 (MQ=255) tACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTCAAGATAGCTAtt < 2:46486/141‑1 (MQ=255) | CTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAAGCTTGCAGAACGTTTAGCATTTATTTCAAATTCAACAGGTGGCATTTTAGGACCTCAAGATAGCTATT > CP000730/487672‑487950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |