| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 820,942 | G→A | 10.5% | intergenic (+19/+170) | glxK → / ← pepT | glycerate kinase/M20 family peptidase T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 820,942 | 0 | G | A | 10.5% | 97.9 / 2.5 | 38 | intergenic (+19/+170) | glxK/pepT | glycerate kinase/M20 family peptidase T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/16); new base A (2/2); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
TAATACATTTATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGGTTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAG > CP000730/820806‑821079 | ttaaaCATTTATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGGTTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGAt > 1:66377/5‑141 (MQ=255) tACATTTATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGGTTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCt > 2:269109/1‑141 (MQ=255) tATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGGTTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCatg > 1:145777/1‑141 (MQ=255) tATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGATTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGATGATGCTGTCatg > 1:245177/1‑141 (MQ=255) 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1:375744/141‑1 (MQ=255) aGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGAtt > 2:175714/1‑141 (MQ=255) ggACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTatatat > 2:406858/1‑141 (MQ=255) tAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATattaat < 2:195241/141‑1 (MQ=255) ttGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTGATTAAg < 2:110355/141‑1 (MQ=255) ttGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAg < 2:451723/141‑1 (MQ=255) | TAATACATTTATCGATATGCCAGAAACTTATACTGACTTTAAAATGGGGTTACAAATTAGGCATTATACGGTTCAGTCTTTAAAACTGTTGAAAACACATTTTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAG > CP000730/820806‑821079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |