| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,228,195 | A→G | 8.2% | Q61Q (CAA→CAG) | fmt2 → | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,228,195 | 0 | A | G | 8.2% | 127.8 / 3.0 | 49 | Q61Q (CAA→CAG) | fmt2 | methionyl‑tRNA formyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/27); new base G (2/2); total (20/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
ACTGTTTTAGAAATGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAATTAATGTACA > CP000730/1228055‑1228332 | acTGTTTTAGAAATGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCaa > 2:102748/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAGAAATGCTTATTGCATAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAAcc < 2:351923/141‑1 (MQ=255) tGTTTTAGAAATGCTTATTGCAGAACATGATGTCATGGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAAcc < 2:168859/141‑1 (MQ=255) aGAAATGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGaaaa < 2:433457/141‑1 (MQ=255) aaaTGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAAt < 1:330295/141‑1 (MQ=255) aaTGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAAtt > 1:186565/1‑141 (MQ=255) aaTGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAAtt < 1:424414/141‑1 (MQ=255) ttATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAGCCTGAAAAATTAAGTg > 1:275342/1‑141 (MQ=255) tGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATTACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTTAAAAATTAAGTGGATc < 1:68173/141‑1 (MQ=255) aGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTAAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGGATCaga < 2:262211/141‑1 (MQ=255) atgTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAg > 1:7300/1‑141 (MQ=255) aTTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACaa > 2:69539/1‑141 (MQ=255) tGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAAtt < 1:313709/141‑1 (MQ=255) aGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCt < 2:188033/141‑1 (MQ=255) cGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAg > 1:401181/1‑141 (MQ=255) aaCCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATg > 2:281037/1‑141 (MQ=255) cAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAg > 2:192723/1‑141 (MQ=255) tCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGAttt > 2:125511/1‑141 (MQ=255) gACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTaa < 1:378475/141‑1 (MQ=255) cTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTg > 2:453865/1‑141 (MQ=255) gACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAActg < 2:258267/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAActgctg > 1:97215/1‑141 (MQ=255) tAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACtgctgc < 1:87022/141‑1 (MQ=255) tgtTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTgg > 1:171954/1‑141 (MQ=255) gtTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGa > 2:398248/1‑141 (MQ=255) tGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAat > 1:90612/1‑141 (MQ=255) accaccaccAGTTAAAAGAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAattatt < 1:420160/141‑1 (MQ=255) ccaccaGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAGCCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCt > 2:250921/1‑141 (MQ=255) ccaGTTAAAATAGTTGCAATGAAGTATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACACTTGCTTCAATTAGGTGTAGCTTTAATTGTATCTGCTGCTTTTGGACAATTGTTACCTGac < 2:199193/141‑2 (MQ=255) gTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGCTGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCa > 2:136526/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCGACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCAttg > 1:237767/1‑141 (MQ=255) tGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCAtt > 2:331739/1‑141 (MQ=255) aaTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTAcc < 2:327617/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTAcc < 2:218797/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTAcc < 1:449095/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTAcc < 1:70162/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTAcc < 2:317491/141‑1 (MQ=255) aTGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCa > 1:341616/1‑141 (MQ=255) tGAAATATGACTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAACTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCaa < 2:96495/141‑1 (MQ=255) atatGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCt < 2:213146/141‑1 (MQ=255) tGATTTACCTGTATATCAGCCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAAACTTgg < 1:291023/141‑1 (MQ=255) ttaatACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTggg < 1:122726/137‑1 (MQ=255) aTTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTgggg < 1:159847/141‑1 (MQ=255) tttACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGc < 2:260761/141‑1 (MQ=255) tgtACCTGTGTAGCAACCGGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACGATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGc < 2:32072/139‑1 (MQ=255) ccTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAAtt < 1:175434/141‑1 (MQ=255) tGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAATTaa > 1:303932/1‑141 (MQ=255) tGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAATTaa > 1:230746/1‑141 (MQ=255) atatCAGCCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAAACTTGGCGCAATTAATGt < 1:250921/141‑1 (MQ=255) tCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAATTAATGTACa < 2:69213/141‑1 (MQ=255) | ACTGTTTTAGAAATGCTTATTGCAGAACATGATGTCATTGCAGTCGTAACGCAACCAGATCGACCTGTTGGACGTAAACGTGTTATGACACCACCACCAGTTAAAAAAGTTGCAATGAAATATGATTTACCTGTATATCAACCTGAAAAATTAAGTGGATCAGAAGAATTAGAACAATTGCTTCAATTAGATGTAGATTTAATTGTAACTGCTGCTTTTGGACAATTATTACCTGAATCATTGTTGGCATTACCAAATCTTGGGGCAATTAATGTACA > CP000730/1228055‑1228332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |