New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	512620 =	52 (1.360)	18 (0.700) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	13/190	0.5	35.9%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
	?	CP000730	2176447 =	43 (1.130)					noncoding (114/114 nt)	rrf5	5S ribosomal RNA

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512483‑512759                                                                                                                                          |                                                                                                                                            acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                          >  1:415040‑M1/138‑141 (MQ=255)           cAGATGACTAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAGACAAAACAACTCAACTTAAGAAATGACTTGAGTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  1:362509/141‑1 (MQ=255)           cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  1:158636/141‑1 (MQ=255)               gccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                            <  1:221592‑M1/18‑1 (MQ=255)               gccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                            <  1:4889‑M1/18‑1 (MQ=255)                  cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                         <  2:277474/141‑1 (MQ=255)                  cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                         <  2:189903/141‑1 (MQ=255)                   aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                        <  2:398516/141‑1 (MQ=255)                        agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAaatgttgata                                                                                                                   <  2:98488‑M1/27‑5 (MQ=255)                        agaagttaagctccttagcgtcgagggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAaatgttgata                                                                                                                   <  2:41735‑M1/27‑5 (MQ=255)                          tAATTTTTACTGTTGTTAAGGAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTCTTGCCTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                 <  2:86419/141‑1 (MQ=255)                          tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                 <  2:276370/141‑1 (MQ=255)                             ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg                                                                                                              >  2:322977‑M1/110‑141 (MQ=255)                                agctcctcagcggagatggtagtcgaacttactttccgttagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                           >  2:194553‑M1/107‑141 (MQ=255)                                   tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                        <  1:232335‑M1/38‑1 (MQ=255)                                   cTGTTGTTAGGCAGTGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTGGTGGCGAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAATATTAATTTTAAATAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtgat                                                                                                        <  2:382927/141‑1 (MQ=255)                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                        <  2:410017/141‑1 (MQ=255)                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGAATTTATTTGTTGAGGCCAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTCACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                        >  1:307735/1‑141 (MQ=255)                                    tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                       <  1:86948/141‑1 (MQ=255)                                       ttttttgCAGTTAAAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGTAGACAAAACAACTTATCTTAAGAAATATATTTATTTACTATCGAAAATTAATTCTAAAAAGTTATAGATTTAAATGTTAATAAAATGTTtaattaat                                                                                                    >  2:389070/7‑141 (MQ=255)                                       tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTTAATTACTAACGAAAATAAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                    >  2:385665/1‑141 (MQ=255)                                       tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                    >  2:233819/1‑141 (MQ=255)                                       tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                    >  2:320652/1‑141 (MQ=255)                                         gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                  <  2:286679‑M1/44‑1 (MQ=255)                                              cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                             >  2:185482/1‑141 (MQ=255)                                              cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                             >  1:170982/1‑141 (MQ=255)                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            >  1:165753/1‑141 (MQ=255)                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            >  1:394869/1‑141 (MQ=255)                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            >  2:188803/1‑141 (MQ=255)                                                   tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                        >  1:307139‑M1/88‑141 (MQ=255)                                                    agtcgaacttacgttccgctagagtagaactatgccaaacatttggttaagcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                       >  1:81336‑M1/87‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.