| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 18 (0.890) | 19 (1.390) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
15/190 | 0.1 | 56.6% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 2176447 = | 25 (1.240) | noncoding (114/114 nt) | rrf5 | 5S ribosomal RNA | |||||
TTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTC > CP000730/2176309‑2176586 | tttACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGc > 2:39047/1‑141 (MQ=255) aTTTCTCTTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGc < 2:65116/141‑1 (MQ=255) gTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTc > 1:7036/1‑141 (MQ=40) tCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAc > 1:207102/1‑141 (MQ=40) aaaCGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 2:123763/1‑141 (MQ=40) tgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 2:108554‑M2/30‑1 (MQ=255) gttcatttttcttcctggcaataattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 1:12375‑M2/31‑1 (MQ=255) tttCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt > 2:160500/1‑141 (MQ=39) ttCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGtt > 1:66387/1‑141 (MQ=40) cACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg > 1:92521/1‑141 (MQ=40) cttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 2:210982‑M2/41‑1 (MQ=255) cttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt > 1:196447‑M2/101‑141 (MQ=255) tCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa < 1:160504/141‑1 (MQ=40) gacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc > 2:187630‑M2/95‑141 (MQ=255) gacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc > 1:225146‑M2/95‑141 (MQ=255) cATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:109289/141‑1 (MQ=40) gaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc < 1:138667‑M2/52‑1 (MQ=255) ttaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa > 1:75207‑M2/87‑141 (MQ=255) aattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:34534‑M2/85‑141 (MQ=255) ttGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:163019/141‑1 (MQ=37) tacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaaataaaaaaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 2:194187‑M2/62‑1 (MQ=255) tGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 2:150083/1‑141 (MQ=35) gtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaactattatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATgg > 2:109447‑M2/60‑141 (MQ=255) tcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTATCATCGACGCTAAGGAGATTATCTTCTGTGTTCGTCATggg > 2:20239‑M2/59‑141 (MQ=255) tcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg > 1:19024‑M2/59‑141 (MQ=255) tcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:113008‑M2/83‑1 (MQ=255) ttAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa > 1:12190/1‑141 (MQ=34) ttAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa > 1:12056/1‑141 (MQ=35) gACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAg > 2:14391/1‑141 (MQ=35) aactttttttttttttttcattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTTGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAg > 2:39727‑M2/54‑141 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 2:105825/141‑1 (MQ=35) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:63319‑M2/94‑1 (MQ=255) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:87138‑M2/94‑1 (MQ=255) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:130453‑M2/94‑1 (MQ=255) tttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc > 2:111271‑M2/47‑141 (MQ=255) ttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc > 1:121157‑M2/46‑141 (MQ=255) ttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc > 1:196779‑M2/46‑141 (MQ=255) aaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:142025/141‑1 (MQ=32) aaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 1:189316/141‑1 (MQ=32) aaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc > 1:86236/1‑141 (MQ=32) gtccattttattttttaaccaacatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 2:41192‑M2/103‑1 (MQ=255) gtccattttattttgtaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGGCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 2:149897‑M2/103‑1 (MQ=255) aCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:143047/141‑1 (MQ=32) tccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCt < 1:135531‑M2/104‑1 (MQ=255) tttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt > 1:149756‑M2/33‑141 (MQ=255) ccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 2:90583‑M2/121‑1 (MQ=255) ccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 1:215216‑M2/121‑1 (MQ=255) cTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa > 2:9086/1‑141 (MQ=32) tCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 1:190988/141‑1 (MQ=32) attaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATgtaatt < 2:196447‑M2/131‑3 (MQ=255) ttaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAtgtaattt > 1:931‑M2/10‑138 (MQ=255) ttttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACAt < 1:194107/141‑1 (MQ=32) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGCGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTc < 1:39047/141‑1 (MQ=17) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTc < 1:223527/141‑1 (MQ=32) | TTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTC > CP000730/2176309‑2176586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |