Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 53.5% | 16.4 / 57.3 | 44 | intergenic (+107/+1) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/14); new base T (10/13); total (17/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35737‑36016 | gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCt < 2:30524/141‑1 (MQ=255) ttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGc < 1:175779/141‑1 (MQ=255) aaaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCg < 2:131939/141‑1 (MQ=255) aaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGt > 2:37463/1‑141 (MQ=255) aaGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATc > 1:46578/1‑141 (MQ=255) aataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCt > 1:206913/1‑141 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:139063/15‑141 (MQ=11) caaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag > 1:76820/14‑141 (MQ=11) aaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATTATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:185542/141‑1 (MQ=255) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 1:121219/12‑141 (MQ=11) atTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 2:139627/1‑141 (MQ=255) atTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGATAACCACTCATTTCACAGAAAAGAGTTCTCGGGACTGTCTAGGAGGATGCTAATGTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 1:77906/1‑141 (MQ=12) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATAGATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:20789/132‑1 (MQ=11) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:137299/141‑1 (MQ=255) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:211264/134‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:13280/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:142021/135‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCACAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATCTATCATGTTACTGTTCGAGTAACTTTCTACGGTGATGCGAATGTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg > 1:156956/5‑141 (MQ=2) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:138988/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:48385/4‑141 (MQ=11) aTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:120925/141‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:20582/141‑1 (MQ=40) aaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttt > 1:210616/1‑141 (MQ=34) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc < 1:46517/141‑1 (MQ=11) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc < 1:38804/141‑1 (MQ=11) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc < 1:173992/141‑1 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACt > 2:106622/1‑141 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACATTTTAAAGTATTTGTTGCCGTATTGATACt > 2:77690/1‑141 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTCGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTCCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACt > 2:148595/1‑141 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt < 2:211596/141‑1 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt < 1:184078/141‑1 (MQ=12) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:33628/141‑1 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt > 2:170237/1‑141 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:179527/141‑1 (MQ=11) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTg < 1:165505/141‑1 (MQ=11) gtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 2:14576/141‑1 (MQ=17) gtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 2:15940/141‑1 (MQ=17) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa > 2:115374/1‑141 (MQ=255) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa > 2:30172/1‑141 (MQ=11) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 2:194926/141‑1 (MQ=32) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 2:48993/141‑1 (MQ=32) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa < 2:186693/141‑1 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa < 2:153718/141‑1 (MQ=17) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:23976/141‑1 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:128476/141‑1 (MQ=17) | GCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35737‑36016 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |