Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 265,956 T→C 11.4% I51M (ATA→ATG)  USA300HOU_0237 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730265,9560TC11.4% 84.0 / 5.3 35I51M (ATA→ATG) USA300HOU_0237hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (11/20);  new base C (2/2);  total (13/22)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01

AATCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACT  >  CP000730/265816‑266076
                                                                                                                                            |                                                                                                                        
aaTCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCt                                                                                                                          <  1:269317/141‑1 (MQ=255)
  tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt                                                                                                                        <  1:99336/141‑1 (MQ=255)
  tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt                                                                                                                        <  1:207712/141‑1 (MQ=255)
  tCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTCATTTAAGTCAGTGTTTGCTAt                                                                                                                        <  1:373682/141‑1 (MQ=255)
     ttGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTaa                                                                                                                     <  2:3896/141‑1 (MQ=255)
     ttGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTaa                                                                                                                     <  2:417742/141‑1 (MQ=255)
     ttGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTaa                                                                                                                     <  2:375052/141‑1 (MQ=255)
      tGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAAt                                                                                                                    <  2:184599/141‑1 (MQ=255)
      tGTTTCGCTCTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAAt                                                                                                                    <  2:179420/141‑1 (MQ=255)
                 aGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTg                                                                                                         >  2:211122/1‑141 (MQ=255)
                       ttGATCCACATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAAAATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAAGGCATCTGCATTAAGGTACGATAATTGATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTGTTTTAATTGATCTAc                                                                                                   >  2:182305/1‑141 (MQ=255)
                       ttGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTAc                                                                                                   >  2:274016/1‑141 (MQ=255)
                                aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg                                                                                          >  2:299897/1‑141 (MQ=255)
                                aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg                                                                                          >  2:450514/1‑141 (MQ=255)
                                aTTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTg                                                                                          >  1:439908/1‑141 (MQ=255)
                                   tttAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAACATATCGCGTTTTTGCACCGAATCTACCTTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATg                                                                                       <  1:275487/141‑1 (MQ=255)
                                      aGTGCGTATAGCGGATTTTGCGATATAGTGCGCAGCTAAAGTATCGCGGTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAAGTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTNGATGTTg                                                                                    >  2:345188/1‑141 (MQ=255)
                                                 cGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTAtgtg                                                                         <  1:5903/141‑1 (MQ=255)
                                                  ggATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGa                                                                        <  2:281221/141‑1 (MQ=255)
                                                  ggATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGa                                                                        <  2:23799/141‑1 (MQ=255)
                                                        tGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGt                                                                  >  1:355714/1‑141 (MQ=255)
                                                        tGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGt                                                                  >  2:397583/1‑141 (MQ=255)
                                                        tGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGt                                                                  >  2:397529/1‑141 (MQ=255)
                                                                        gCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTtgcttgct                                                  >  1:88691/1‑141 (MQ=255)
                                                                         cTAAAATATCGCGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTAGGAACGATAAGTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTATTTTCATATTTTCTTGCTa                                                 >  2:410143/1‑141 (MQ=255)
                                                                              atatCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTa                                            <  2:221897/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   gcgTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATAcc                                       <  1:103072/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              aCGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCaa                            >  2:88810/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   tCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAgc                       <  1:397529/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                   tCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCCATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAgc                       <  1:397583/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGCTGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa             <  1:355039/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa             <  2:259212/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ggTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTaa             <  2:45310/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt  <  1:4764/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt  <  1:248136/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        ttatttaAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACt  <  1:448116/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                        
AATCTTTGTTTCGCTTTAGTCATTTGATCCAAATTTTTAGTGCGTATAGCGGATTTTGCAATATAGTGCGCAGCTAAAATATCGCGTTTTTGAAACGCATCTAAATTTAGGTACGATAATTTATTTAAGTCAGTGTTTGCTATTAATTCATGTAATTGATCTACAAGCGCTTGATGTTGATACGTATGTGATGTAGTTTCAGATTTGCTTGCTAATTTAATACCAGTCGTATCAAGGAGCGCCGCTTTAATACCAGCAACT  >  CP000730/265816‑266076

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑