| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 995,747 | C→T | 9.9% | intergenic (+24/‑27) | oppA2 → / → oppD2 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 995,747 | 0 | C | T | 9.9% | 116.0 / 2.7 | 40 | intergenic (+24/‑27) | oppA2/oppD2 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/22); new base T (2/2); total (16/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
CCTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACTTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCTAAAGGAG > CP000730/995607‑995879 | ccTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACTTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTc < 1:431684/141‑1 (MQ=255)ccTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACTTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTc < 1:42496/141‑1 (MQ=255)ccTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACCTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTc > 1:413223/1‑141 (MQ=255) cTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACTTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTCg < 2:303080/141‑1 (MQ=255) 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1:439202/141‑1 (MQ=255) ttGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTTGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTaaa > 2:390792/1‑141 (MQ=255) ttGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTTGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTaaa > 2:252129/1‑141 (MQ=255) taaaaGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCGTAGTAATATAACATCGACGATTTTGTCGATGTTTACATATATGGAGGGATGTTATGAATAATATATTGTTAGAAATTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAaataat < 2:215609/139‑1 (MQ=255) tCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAaataat < 2:138247/141‑1 (MQ=255) aaTTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATAT‑GGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAAc < 2:149810/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGa < 2:143692/141‑1 (MQ=255) aaTGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGa < 2:167925/141‑1 (MQ=255) tGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAAt < 1:423173/141‑1 (MQ=255) tGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAAt < 1:261989/141‑1 (MQ=255) tGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAAt < 1:372002/141‑1 (MQ=255) gTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAAtt < 1:285788/141‑1 (MQ=255) ccTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCt > 1:313159/1‑141 (MQ=255) ccTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCt > 1:263251/1‑141 (MQ=255) ccTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCt > 1:197008/1‑141 (MQ=255) ccTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCt > 1:238788/1‑141 (MQ=255) ccTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCt > 1:872/1‑141 (MQ=255) 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CCTGGATTACCAATGTTCCAAGGTAAATCGATAACTATTGTTAACGATAAAGTACGAAACTTAGACATTGAAATTGGAACTGATCAAAGTTTATATAATTTAACTAAAGAAGCTTAGTAATGTAACCTCGACGATTTTGTCGAGGTTTACTTATATGGGGGGATGTTATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAACTGTTGAAAATATTTCTTTTGAATTATCTAAAGGAG > CP000730/995607‑995879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |