| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,101,143 | A→G | 5.5% | V268A (GTA→GCA) | USA300HOU_1959 ← | bacteriophage tail length tape measure protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,101,143 | 0 | A | G | 5.5% | 228.4 / 3.7 | 72 | V268A (GTA→GCA) | USA300HOU_1959 | bacteriophage tail length tape measure protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/29); new base G (2/2); total (41/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
CGCCGTATTTAGTAATACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCAG > CP000730/2101003‑2101272 | cgcCGTATTTAGTAATACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTa > 2:418597/1‑141 (MQ=255)cgcCGTATTTAGTAATACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTa > 2:259330/1‑141 (MQ=255) gTAATACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCATGGGTAATTAACTGTACGGCTTGcaca > 1:257640/1‑141 (MQ=255) tACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTGCGGCTTGCACACCGt > 1:131773/1‑141 (MQ=255) tACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTGCGGCTTGCACACCGt > 1:6971/1‑141 (MQ=255) tACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGt > 2:50107/1‑141 (MQ=255) cAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAAc < 2:236716/141‑1 (MQ=255) cAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAAc < 1:246496/141‑1 (MQ=255) gCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCt > 2:260854/1‑141 (MQ=255) gCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCt > 2:171416/1‑141 (MQ=255) gCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCt > 2:140429/1‑141 (MQ=255) aaTGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGtt > 2:246898/1‑141 (MQ=255) aTGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACATTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTta > 1:37117/1‑141 (MQ=255) aTGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTta > 2:426116/1‑141 (MQ=255) aTGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTta > 2:426084/1‑141 (MQ=255) gtgtCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTtata > 1:87572/1‑141 (MQ=255) gtgtCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTtata > 1:456392/1‑141 (MQ=255) agtCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACAATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTTAACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTatat > 2:370296/2‑141 (MQ=255) gtCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATg > 1:424274/1‑141 (MQ=255) tCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGa > 1:128747/1‑141 (MQ=255) tCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGa > 1:333950/1‑141 (MQ=255) cccACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCaa > 1:30984/1‑141 (MQ=255) cccACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCaa > 2:155122/1‑141 (MQ=255) cccACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCaa > 1:420092/1‑141 (MQ=255) cTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGAct > 2:4880/1‑141 (MQ=255) ttGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGActc < 1:209611/141‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGActc < 2:73570/141‑1 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1:313320/1‑141 (MQ=255) gcTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCa > 1:136030/1‑141 (MQ=255) gcTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCa > 1:199334/1‑141 (MQ=255) cTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCAt < 1:260854/141‑1 (MQ=255) tttGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCAttt < 2:424274/141‑1 (MQ=255) ttGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCAtttt < 2:389646/141‑1 (MQ=255) tGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTc > 2:224060/1‑141 (MQ=255) aCCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGt > 1:293967/1‑141 (MQ=255) aCCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGt > 1:225449/1‑141 (MQ=255) tatCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCtt < 2:326003/141‑1 (MQ=255) aaaaCACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCt < 1:31968/141‑1 (MQ=255) aaaCACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTg > 2:218933/1‑141 (MQ=255) tGATATTCACTTGCTTCGATATCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCt < 2:187982/141‑1 (MQ=255) tGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCt < 2:444528/141‑1 (MQ=255) gATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTa > 2:266260/1‑141 (MQ=255) atatTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTaa > 1:184896/1‑141 (MQ=255) atatTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTaa > 1:257897/1‑141 (MQ=255) ttCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCt < 1:418597/141‑1 (MQ=255) ttCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCt < 1:259330/141‑1 (MQ=255) cTTGCTTCGATTCCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTa < 1:323105/141‑1 (MQ=255) ttGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTAt > 2:200071/1‑141 (MQ=255) tgctgcGATCCCTGCATCGCCCATTGCACGAGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCTTAACCTGTTATCTGACTAAATTTCAAGAATCACTCTGTGGCATTTTCACGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTAtt < 2:51536/141‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt < 1:47182/141‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt < 2:298185/141‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt > 1:82599/1‑141 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt < 2:1332/141‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt < 2:429753/141‑1 (MQ=255) ccTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGGTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCt > 1:355348/1‑141 (MQ=255) tGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTaa > 2:79804/1‑141 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2:6971/141‑1 (MQ=255) aCGGGTAATTAACTGTGCGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGt < 2:131773/141‑1 (MQ=255) aCGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGt > 2:207477/1‑141 (MQ=255) aCGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGt < 1:50107/141‑1 (MQ=255) gTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGACTGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCa < 1:135189/141‑1 (MQ=255) tAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCAg < 1:426084/141‑1 (MQ=255) tAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCAg < 1:426116/141‑1 (MQ=255) tAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCAg < 2:37117/141‑1 (MQ=255) | CGCCGTATTTAGTAATACTATCAGCTAATGTGTCAACACTTATCCCACTAGCTTGCGCCGCTTTTGCTACCATATCCAAAACACTTTGATATTCACTTGCTTCGATACCTGCATCGCCCATTGCACGGGTAATTAACTGTACGGCTTGCACACCGTCAGAACCTGTTATATGACTGAATTTCAAGAATGACTCTGTGGCATTTTCAAGTTCTTTACCTGTAAAACCTAATCTTGTATTAACTTCTCCTAAAACTCCACCAACAGTTTCAG > CP000730/2101003‑2101272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |