| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,010,695 | T→A | 33.5% | L35L (CTA→CTT) | ygaD ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,010,695 | 0 | T | A | 33.5% | 7.0 / 9.8 | 12 | L35L (CTA→CTT) | ygaD | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/3); new base A (2/2); total (7/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
TTCAATTGGTGGTCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTAATCTATTGCCCTATCCTATTC > CP000730/2010566‑2010833 | ttCAATTGGTGGTCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAg > 2:89149/1‑141 (MQ=255) gtggtCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGta > 1:115996/1‑141 (MQ=255) ggtCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAAAAGTGGTATAAGCATTGGtata > 2:65440/1‑141 (MQ=255) ggtCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAAAAGTGGTATAAGCATTGGtata > 2:102954/1‑141 (MQ=255) tcACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCaa > 2:77727/1‑141 (MQ=255) ccAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCa < 2:100791/141‑1 (MQ=255) tcaGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGc > 1:81200/1‑141 (MQ=255) gTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAAAAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTATATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGtt < 1:102954/141‑1 (MQ=255) gTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAAAAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTATATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGtt < 1:65440/141‑1 (MQ=255) ccATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTa > 2:16098/1‑141 (MQ=255) cATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTATTTATCCCAACAATAATCGTTGCAAATATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTaa < 2:115996/141‑1 (MQ=255) aTTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTAATCTAt < 1:77727/141‑1 (MQ=255) aatAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTAATCTATTGCCCTATCCTATTc > 1:40167/1‑141 (MQ=255) | TTCAATTGGTGGTCTCACTATTACAAAAATAAATAATGCGATACCAATGGCAATAGTTAAATGATGAACTTTTTCATCAGTCGTTAGTGCGTGGTTATTAATCACGCCATCTATTGCATATTTAATTAATAGTGGTATAAGCATTGGTATACCAAACTTAATTATCCCAACAATAATCGTTGCAAAAATACGATATTTGTATGGCTTAACAAATTGCAAATATCGTTTAATCATACAATCCCCCCTAATCTATTGCCCTATCCTATTC > CP000730/2010566‑2010833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |