| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 36,444 | 0 | C | T | 37.0% | 100.4 / 116.6 | 120 | R36R (AGG→AGA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/40); new base T (23/21); total (58/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGAT‑AACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT > CP000730/36306‑36571 | tATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCt < 2:192031/141‑1 (MQ=18)tATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCt < 2:72619/141‑1 (MQ=21) aTTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:1025/141‑1 (MQ=40) aTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCATATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 2:254051/141‑1 (MQ=11) 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(MQ=17) cggtGAGTGATGAACGTTTAGACCACGTTGCCGTAGTATTTCAGATATATCACGATAACTGAATGGATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGAT‑AACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACa < 2:261467/138‑1 (MQ=1) aaaggatgaACGTTTAAACCACTTTCCTTTATTATTCAAGATATACAACAATAGCTAAAGGATTTTCTTGGTAATAAGCAAAGGGCTAAAG‑GATAAACACCCTGGTTAAA‑TGGTTATATCTGAAATAGTTCATACagaaga < 2:41950/137‑1 (MQ=0) tttACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGAT‑AACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGt < 2:127640/141‑1 (MQ=32) | TATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGAT‑AACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT > CP000730/36306‑36571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |