| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,077 | Δ11 bp | coding (943‑953/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3440088 = | 1 (0.010) | coding (942/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA > NC_000913_3_pae_pgi/3439941‑3440232 | tattgcggaacatagcctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttttcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCa < 2:407334‑M2/2‑1 (MQ=255) cggaacatagcctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGGGAc > 1:249919‑M2/143‑149 (MQ=255) aacatagcctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccc < 1:1145386‑M2/1‑1 (MQ=255) aacatagcctggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccc > 2:1145386‑M2/140‑140 (MQ=255) tggcgatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGaa > 2:1285543‑M2/131‑149 (MQ=255) gggatggctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGc < 2:255598‑M2/21‑1 (MQ=255) tgtctgctgttgaggttaagttgccgaccactcttacgatggcgcttgatcttatccttttccgtaaagccttaacctgggatccggttacgcgtgcgcgatgcttgccggtggcctgttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGc < 2:508945‑M2/25‑1 (MQ=255) gctgctgttgcggttcagttgacgaccactcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAc > 1:344834‑M2/123‑149 (MQ=255) ttCGGTTGAGGACCGCTTTTACGATGGGGGTTTACCTTGTTGTTGTCAGTGAAGGTTTAAGCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGTTGGCCAGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCACGTCTTTAAtctcg > 2:1503128/1‑148 (MQ=255) 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tcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAc > 1:1409793‑M2/94‑149 (MQ=255) tcttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTGAGAGATTTTTTAc > 1:666415‑M2/94‑149 (MQ=255) ttacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCa > 1:1335971‑M2/92‑149 (MQ=255) tacgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa > 1:1460712‑M2/91‑149 (MQ=255) acgatggcgcatgaccttatccttctcagtaaaaccttaacctgtgatccggttactcgtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttt > 2:896777‑M2/90‑140 (MQ=255) 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gtcagcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTgg < 2:966827‑M2/118‑1 (MQ=255) tcagcgatgcttgccggtggccagatttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa > 2:1317193‑M2/31‑149 (MQ=255) agcgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATa < 2:1434231‑M2/121‑1 (MQ=255) cgatgcttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGCAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGCGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTCGTCTGCTCCCGATCACCGCTATAGTGGATAGc > 2:287758‑M2/27‑149 (MQ=255) cttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg < 1:1556070‑M2/128‑1 (MQ=255) ttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCGCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 2:359104‑M2/21‑149 (MQ=255) ttgccggtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCGCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 1:359104‑M2/129‑1 (MQ=255) ctgcgggtggccagtttgccCAGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTAAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 2:492366‑M2/129‑1 (MQ=255) gtggccagttttccCAGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 1:1496238‑M2/135‑1 (MQ=255) gtggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGAGTTTTAAAGGGACCTGCGGCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 2:1547553‑M2/135‑1 (MQ=255) gtggccagttgtccCAGAGACAGGCCACGGGAAGAGAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 2:666415‑M2/135‑1 (MQ=255) ggccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc < 1:1285543‑M2/137‑1 (MQ=255) gccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCa < 1:495710‑M2/138‑1 (MQ=255) gccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTGAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCa < 1:1340081‑M2/138‑1 (MQ=255) ccagttttccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAg > 1:863450‑M2/11‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |