| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | CP009273 | 2,420,338 | +AATT | intergenic (‑71/+150) | hisJ ← / ← argT | histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit/lysine/arginine/ornithine transporter subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2420334 | 1 (0.020) | 47 (0.810) +AATT |
42/276 | 0.3 | 97.9% | intergenic (‑67/+154) | hisJ/argT | histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit/lysine/arginine/ornithine transporter subunit |
| ? | CP009273 | 2420335 = | 1 (0.020) | intergenic (‑68/+153) | hisJ/argT | histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit/lysine/arginine/ornithine transporter subunit | |||||
AGCAAACGCCGCAGTTGCGCTGGAGAAGGCCAGAACCAGAGAGAGCGATAGCACCAGTTTTTTCATAATGTCCTCAACTGACAGTCTTTTTATAGGGAATATTTACAGGTTTGTTACACTTATCGTGCCATAA‑‑‑‑AATTGACCATCAAGGCAAAATATCCCGCCCCGTTAGACGTATTATTTTTCATTAAAAATGCTTAAGTATGCATTTCAATGCACCACGATAGTGCAACAAACCTGGCGTGCACCATGATGATCATTCCATCAGGTACAGCTTCCCAG > CP009273/2420202‑2420480 | agcaaacgccgcagttgcgctggagaaggccagaaccagagagagcgatagcaccagttttttcataatgtcctcaactgacagtctttttatagggaatatttacaggtttgttacacttatcgtaacataaaattAATTGACCATCa > 2:589174‑M2/138‑149 (MQ=255) caaacgcagcagttgcgctggagaaggccagaaccagagagagcgatagcaccagttttttcataatgtcctaaacttacagtctttttatagggaatatttacaggtttgttacacttatcgtaacataaaattAATTGACCATCAAg < 2:1029492‑M2/14‑1 (MQ=255) gccgcagttgcgctggagaaggccagaaccagagagagcgatagcaccagttttttcataatgtcctcaactgacagtctttttatagggaatatttacaggtttgttacacttatcgtaacataaaattAATTGACCATCACGGCaaa > 2:259076‑M2/131‑149 (MQ=255) 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AGCAAACGCCGCAGTTGCGCTGGAGAAGGCCAGAACCAGAGAGAGCGATAGCACCAGTTTTTTCATAATGTCCTCAACTGACAGTCTTTTTATAGGGAATATTTACAGGTTTGTTACACTTATCGTGCCATAA‑‑‑‑AATTGACCATCAAGGCAAAATATCCCGCCCCGTTAGACGTATTATTTTTCATTAAAAATGCTTAAGTATGCATTTCAATGCACCACGATAGTGCAACAAACCTGGCGTGCACCATGATGATCATTCCATCAGGTACAGCTTCCCAG > CP009273/2420202‑2420480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |