| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009273 | 19796 = | NA (NA) | 6 (0.090) | 4/276 | NT | 3.8% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | CP009273 | 3649844 = | 150 (2.140) | coding (257/333 nt) | hdeA | stress response protein acid‑resistance protein | |||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ATAGCTGCTTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCA > CP009273/3649696‑3649992 | aattgagcggcataacctgaatctgaggcaggacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccg < 2:884053‑M2/1‑1 (MQ=255)aattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccg > 1:1185351‑M2/149‑149 (MQ=255)aTAGCTGCTTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAg < 1:816834/149‑1 (MQ=255) tAGCTGCTTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGc < 2:434848/149‑1 (MQ=255) gctTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAAGGTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTCTCGTGAGTACAAGCCTGac > 1:406144/1‑148 (MQ=255) gctTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGaa > 1:671281/1‑149 (MQ=255) ttttAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACg > 1:1104445/1‑149 (MQ=255) aagaagATATTAAGAACTGGTCAAGGTACACGGAAGGAAGTAGTGAAGCAATCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTACCATTCATCTTTAACTTTATCTTTAAAATTGGCTTGTGTATCCTGATTTCCAGCTTGAACGATatg > 2:938497/1‑147 (MQ=255) 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cTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaccttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc < 1:1036911‑M2/149‑131 (MQ=255) cTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCCTCTGGTTAATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCACCTGCAGTTGGCAGGAAGGTATCGTCCACACCCAGGAAATCtt > 2:390372/1‑149 (MQ=255) aGTACAAGCCTGAACGATAGCGGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTcac < 1:713174/149‑1 (MQ=255) tACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCACCTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAGTGTTCACAg > 1:528063/1‑149 (MQ=255) tACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAg > 2:727345/1‑149 (MQ=255) tACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAg > 2:679387/1‑149 (MQ=255) cAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGt > 1:995134/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTGGTCGACAGCCAGGAAATCTTCACAGGtg > 1:321340/1‑148 (MQ=255) aaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTc > 2:1202540/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTc < 1:765439/149‑1 (MQ=255) gCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAGTACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCa > 1:646389/1‑149 (MQ=255) gCCAGAACGATAGCTGGGGTTACGTATGCAATACCCTGAACATCCAACACCGCATCATCTTGTTTATCGTTGTTGTTCAGCGCTTTAGAAAAACCAGCTGCAGTTGGCTGGCAAGCTTCGTCCACGGCCCGAAAGGCTTCACGAGTccg > 2:853199/1‑148 (MQ=255) | ATAGCTGCTTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCA > CP009273/3649696‑3649992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |