New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 2872577 | 136 (1.050) | 14 (0.120) | 11/232 | NT | 9.6% | intergenic (‑107/+14) | rnpA/rpmH | ribonuclease P/hypothetical protein |
? | CP000730 | = 2872581 | 139 (1.180) | intergenic (‑111/+10) | rnpA/rpmH | ribonuclease P/hypothetical protein |
AAATCTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2872427‑2872577 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagatcactgaCTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAATTAA < CP000730/2872581‑2872442 AAATCTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAA > 1:1333255/1‑141 AATCTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAA > 2:198827/1‑141 AATCTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTACTGAGCTGATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAA < 2:155929/141‑1 CTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGAT > 1:1146389/1‑141 CTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGAT < 1:536816/141‑1 CTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGATATATACAAAAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAT < 2:1143595/141‑1 CATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATAACTCGCTCATTTATAG‑TTTTTATTGGAAGTGATGGTGAAACTTCTGTTGAGCTTGGAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCAC > 1:745280/1‑141 ATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACT > 2:670221/1‑141 ATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACT > 2:460888/1‑141 TTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTG < 1:17662/141‑1 TTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTG > 1:1624069/1‑141 TTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACAGCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTG < 1:1535255/141‑1 TCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA < 2:1272752/141‑1 tttgctgatagaTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACT < 1:946384/129‑1 TTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑T < 1:682819/141‑1 TTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑T < 2:777132/141‑1 TTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑T < 1:609398/141‑1 ATTCTGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAG < 1:1203273/141‑1 ATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAG < 1:440662/141‑1 CGGTAAGCTTTTTCCAATCACATCTCTCGCTTATTTTTCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAGCGAAAAAAAAGATCGCTGTCTCA‑TCTGTGA < 2:551570/141‑1 CGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGTGA < 1:932992/141‑1 GGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGTGAT < 1:161723/141‑1 GTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGTGAT < 1:1323677/141‑1 GTAAGCTTTTTCCAAATACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGTGATC < 1:207987/141‑1 ttctcaTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGTGATCT < 2:1306814/135‑1 GCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGATGAG‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCA > 1:663142/1‑141 GCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGATGAG‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTTTAAGCTCAATAGAAGTTTATATATAGCTTt > 2:1377776/1‑140 TAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATA > 1:755557/1‑141 ATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGT < 2:1491915/46‑1 ATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGACTCA‑TCAGT > 1:1491915/1‑46 ATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTAAAATAAAAACGATAAATAAGCGA > 1:1262269/1‑141 ATCACTGACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACC < 2:408872/141‑1 TCACTGACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCG > 2:1463439/1‑141 ACTGACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTTGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAA > 2:906808/1‑141 CTGACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCTAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAAT < 2:1488764/141‑1 TGACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAATT < 1:262930/141‑1 GACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCTTTTATTTTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAATCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTAATTGTAAAAAGCTTACCTAATTt > 2:1120724/1‑140 GACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAATAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAAAAGATTAAATATAGCTTCAAATAAATACAATTAATAGGCGAGAGATTTTATCGTAAAAAGCATATCGAATTA > 1:1307513/1‑141 GACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAATTA > 2:1567309/1‑141 ACTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAATTAA > 1:1174167/1‑141 AAATCTGCATTCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2872427‑2872577 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagatcactgaCTCA‑TCAGTGATCTTTTTTTTCGTTTAAATTAAGAATAAATAGAAATTTATGTTATAAGCTCAATAGAAGTTTAAATATAGCTTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTATTGGAAAAAGCTTACCGAATTAA < CP000730/2872581‑2872442 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |