| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 715303 = | 129 (1.180) | 12 (0.120) | 11/240 | 10.8 | 9.2% | intergenic (+61/+56) | tagD/pbp4 | glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/penicillin‑binding protein 4 |
| ? | CP000730 | 715350 = | 121 (1.240) | intergenic (+108/+9) | tagD/pbp4 | glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/penicillin‑binding protein 4 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AGTCATTTATTTAAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATA > CP000730/715164‑715443 | aGTCATTTATTTAAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATaa > 2:375765/1‑141 (MQ=255) cATTTATTTAAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATGATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAAc > 2:736179/1‑141 (MQ=255) tttatttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACgg < 2:580489/141‑1 (MQ=255) tttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACaa < 1:267639/141‑1 (MQ=255) aaCGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTc > 1:840438/1‑141 (MQ=255) aaCGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTc > 1:464906/1‑141 (MQ=255) cGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGc < 2:546236/141‑1 (MQ=255) tACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg > 2:327480/1‑141 (MQ=255) tACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg > 2:1348637/1‑141 (MQ=255) tACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg > 1:582792/1‑141 (MQ=255) aCAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGc < 2:1024472/141‑1 (MQ=255) aCAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGc < 1:671099/141‑1 (MQ=255) aGAAGGCATTTCGACGACTAAACTCAAACAAGAATTATATGGTAACGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCtt > 1:140591/1‑141 (MQ=255) aGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCtt < 1:544241/141‑1 (MQ=255) ggCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 1:1349456/141‑1 (MQ=255) ggCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 2:878164/141‑1 (MQ=255) cATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAt > 1:845181/1‑141 (MQ=255) ttCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 1:297141/1‑141 (MQ=255) ttCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 1:257846/1‑141 (MQ=255) cgacgaCTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCa > 2:1221027/1‑141 (MQ=255) gacgacTAAAAACAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaa < 2:776131/141‑1 (MQ=255) gacTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACtt < 1:354371/141‑1 (MQ=255) cTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGt < 1:1037480/141‑1 (MQ=255) cTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGt > 1:797093/1‑141 (MQ=255) atAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGt < 1:830431/140‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTcc < 2:651938/141‑1 (MQ=255) aaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGt > 2:930016/1‑141 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2:1220891/140‑1 (MQ=255) aGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTAt > 1:218616/1‑141 (MQ=255) ttATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATtttt < 1:375765/141‑1 (MQ=255) tataTGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtttt < 2:464906/141‑1 (MQ=255) tataTGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtttt < 1:1221027/141‑1 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 2:605164/141‑1 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 1:946762/141‑1 (MQ=255) atGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 2:1323285/1‑141 (MQ=255) tGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt < 1:483578/141‑1 (MQ=255) tGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt < 2:845181/141‑1 (MQ=255) tGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt < 2:716053/141‑1 (MQ=255) ggTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTCTAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt < 1:736179/141‑1 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ttgttcataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACg < 2:805290/135‑1 (MQ=255) aatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAGAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACg < 2:267319/141‑1 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 1:886986/141‑1 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattg < 1:187769/141‑1 (MQ=255) atagaGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattg < 2:631675/141‑1 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTa < 2:884881/141‑1 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(MQ=255) aCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTCTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGc > 1:736899/1‑141 (MQ=255) ttAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGa < 2:917156/141‑1 (MQ=255) tcggTTATTATAAAATAAATCTATACCGAACACGTTCTCCATGCTTACAATGGGCAATTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGAc < 1:965757/139‑1 (MQ=255) tAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGAc < 1:351340/141‑1 (MQ=255) tAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGAc < 1:351345/141‑1 (MQ=255) tattatAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGc < 2:257846/141‑1 (MQ=255) tattatAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGc < 2:1342728/141‑1 (MQ=255) tataAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATg < 2:140591/141‑1 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATg < 2:816737/136‑1 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTacca < 2:221416/141‑1 (MQ=255) taaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTaccacc < 2:297141/141‑1 (MQ=255) taaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTac > 1:955343/1‑137 (MQ=255) taaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTac < 2:955343/137‑1 (MQ=255) aataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCaa > 1:246271/1‑141 (MQ=255) | AGTCATTTATTTAAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATA > CP000730/715164‑715443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |