| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1046001 | 114 (0.970) | 134 (1.140) | 92/292 | 0.1 | 69.1% | intergenic (+15/+418) | insB1/cspH | IS1 transposase B/stress protein, member of the CspA‑family |
| ? | CP009273 | 1973115 = | 6 (0.050) | intergenic (‑661/‑119) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTT > CP009273/1972968‑1973263 | ttgagcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTa > 2:1694738‑M2/147‑149 (MQ=255) ttgagcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacgactggaacggacgtcgcggtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggccttatctgaacataaaacacgatcaataagttggagtcgttagcTTa > 2:391704‑M2/147‑149 (MQ=255) aaaCACAAACAAAGGCAACAATCAACTTAATTTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGattaatt < 1:1294644/144‑1 (MQ=255) cggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTa > 1:65043‑M2/142‑144 (MQ=255) aaTCCAAAGAAAGGCAACAATCGACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGACCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCttt < 2:1196944/149‑1 (MQ=255) gtataacctgaagctgcggcagcacctggcacttcagggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTAc < 2:1527658‑M2/10‑1 (MQ=255) aCAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCt > 1:765523/1‑144 (MQ=255) cAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggt > 2:1886224‑M2/1‑146 (MQ=255) aacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtccttaccTTATCTTTactact > 2:1903480‑M2/136‑147 (MQ=255) ctgcatctgaggcagcacatggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACta > 1:1781955‑M2/133‑144 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACta > 1:224459‑M2/133‑144 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTaataat > 2:1806992‑M2/133‑149 (MQ=255) ccgaatcgtaggcagcacctggcacggctgggacggaagttcctgtcgtcctcataatcggtgtagctgcatgacaaagttatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACta < 1:418963‑M2/12‑1 (MQ=255) 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aattaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccgga > 1:119472‑M2/1‑11 (MQ=255) ttaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgcccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccggaca > 1:907042‑M2/1‑9 (MQ=255) | TAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTT > CP009273/1972968‑1973263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |